名侦探柯南经典语录读书
1.拜托!2.等一下3.难道说……4.有没有搞错啊!5.不会吧!6.真是的……7.真相永远只有一个!8.江户川柯南,我是个侦探9.我明白了……10.原来是这样(原来如此)11.很好,我已经知道犯人所用的手法了12.犯人一定就是他(她)没错了!
大概过了十个多月，故事是这样的…
这天，日本著名高中生侦探工藤新一与青梅竹马毛利兰在游乐园游玩，乘坐云霄飞车遇上了杀人案，破解案件后工藤新一跟踪黑衣男子伏特加，发现了伏特加与某公司董事长的秘密交易。当时工藤新一只顾着偷看交易，却忽略了另一个同伙。琴酒从背后而来用棍子把他敲晕，因为附近还有巡视警察所以没有开枪杀了他，而是给他灌下组织未开发完成的药物。（故事的开始）
工藤新一醒来后没有死亡，而是身体缩小成小学生跑回自己家，被隔壁阿笠博士发现，工藤新一解释了自己变小的事情，穿上小时候的衣服化名江户川柯南，住进父亲以侦探为业的小兰家调查黑衣组织，并要求博士发明了变声器，告诉小兰要去美国办案子，所以辍学一段时间。
小兰的父亲毛利小五郎也是位私家侦探，所以阿笠博士让柯南去小兰家居住调查黑衣组织。紧接着，柯南帮助小五郎解决董事长千金绑架事件所以成功借住，并向帝丹高中请假休学。第二天，柯南前往帝丹小学上一年级，结识了步美 元太 光彦。
第三天，日本女明星冲野洋子正好找小五郎帮忙，说是自己被人监视，小五郎与柯南 小兰 光彦 步美 元太等人一起来到冲野洋子的公寓，却发现一个人死在了这里。目暮警官 高木警官来到现场，将相关人士叫来调查，最后柯南发现了这次案件真相，便用烟灰缸将小五郎砸晕，用蝴蝶结变声器伪装他的声音解开这次案件，最后结果为自杀，让目暮警官对小五郎刮目相看。之后，柯南用变声器告诉小兰自己要去美国办案子，所以要先辍学一段时间。
第四天，光彦 元太 步美与柯南共同回家路上，捡到了一张藏宝图，四人组成少年侦探团前往探索，柯南解开暗号找到宝物的地点却碰上了俄罗斯大盗，被绑在在黑暗的大楼中。最后柯南指挥侦探团解决了这些大盗，报警归案，四人感情增进。
第五天，少年侦探团乘坐新干线列车时，柯南遇上了那天把他打晕灌药而身体变小的黑衣人，柯南安装窃听器得知二人代号琴酒和伏特加是西洋酒名，且列车上有人行李被安装炸弹，柯南暗中寻找被威胁的乘客。不幸琴酒与伏特加提前下车，让柯南断绝黑衣人的线索。最后，柯南找到行李存有炸弹的乘客，危难之中将行李箱踢出窗外爆炸拯救全车人性命，报警后将被威胁的女人抓了起来。
阿笠博士为柯南发明了很多道具，比如蝴蝶结变声器 手表型麻醉针 脚力增强鞋 足球发射腰带，以及太阳能滑板 智能追踪导航眼镜 侦探团徽章，还有发讯器 窃听器 追踪器 扩音器等等来协助身体变小的柯南。一星期后，柯南发现毛利小五郎是位很无能的侦探，就使用麻醉针让小五郎睡着，再用变声器伪装小五郎声音破解案件。小五郎完全不记得破案过程，但还是对自己推理能力深信不疑，认为自己有“双重人格”。 杀人案件在柯南的帮助下，成功让小五郎名声大振，人称“沉睡的小五郎”。
二星期后，小五郎和柯南前往月影岛再次遇到钢琴协奏曲《月光》棘手连续杀人事件，最后柯南被凶手成实医生扔出起火的房子外，成实医生打算自杀。柯南准备再次进房救人却被小兰拦下，整个屋子烧起大火，成实医生弹奏钢琴被火烧死。成实医生的死成为了柯南一生的遗憾。
再来，工藤新一的父母，藤峰有希子与工藤优作回国，在阿笠博士的解释下得知自己儿子被黑衣组织灌药变小。有希子与工藤优作假扮黑衣人吓唬柯南，最后柯南发现是自己父母。解释之后工藤优作准备带柯南离开日本前往美国却被拒绝，继续调查黑衣组织。不久，父母再次离开日本。工藤优作是著名推理小说家，《暗夜男爵》小说的作者。有希子是著名女演员。（父母得知变小）
小兰也曾怀疑过柯南身份，但都被柯南隐瞒下去。森谷帝二对工藤新一的挑战证明了小兰对工藤新一的爱，以及第十四个目标柯南用手枪正好击中挟持小兰犯人，并不像当年小五郎击伤妃英理而离居。工藤新一和小兰幼年时在樱花班相遇，青梅竹马。
第二个月，大阪侦探服部平次前来毛利侦探所挑战工藤新一，得知工藤新一已经辍学一个月，柯南还在感冒时被服部平次无意罐下了从大阪带来的白干酒。这时侦探所正好接到年纪较大女人的调查案子，服部平次 柯南 小兰 小五郎 前往年纪较大的女人家，却发现她的外交官丈夫死在了家中。
警察来到，服部平次将自己观察到的一切线索与推理出的杀人凶手说出来，准备逮捕犯人时。对，没错，喝了白干酒细胞受到刺激的柯南变回了工藤新一，解释了真正的杀人手法，和真正的杀人犯，赢得了和服部平次的比赛。工藤新一告诉服部平次，推理并没有胜负之分，因为真相永远只有一个。破案后，工藤新一以为身体恢复一切都要结束了的时候，突然身体再次突发，在厕所变回柯南，向小兰等人解释工藤新一是为了接受和服部平次的比赛才回来，但是美国还有重要案件就先回去了，并要求警察们不要将工藤新一回来的事情告诉任何人。之后，柯南用变声器解释了一切，服部平次也回到了大阪，柯南也知道了白干能让身体恢复，告诉了阿笠博士开始研究。（服部平次登场，柯南第一次恢复）
一个多月的时间，毛利小五郎带着柯南去参加满天堂发布会，柯南在电玩公司听到了一个高大黑衣人电话里的对话，带着关西口腔的说自己是龙舌兰（酒名），称呼电话那头的人伏特加，柯南惊讶得知他是黑衣组织的人。柯南为了掌握组织线索拿到恢复身体的药，开始跟踪这个人并安装发讯器和窃听器。前往厕所门口，柯南正听到龙舌兰开箱子，突然就砰的一声这个黑衣组织的成员龙舌兰就不幸被箱子里的炸弹炸死了。
最后，柯南用变声器利用小五郎找出真相，那个安放炸弹的人和与黑衣组织成员交换箱子的人。警察逮捕了安放炸弹的人，他是想炸死和组织成员交换箱子的人，但他不小心和龙舌兰交换了箱子，所以被炸死的变成了龙舌兰。柯南问出与组织成员交换箱子的人，龙舌兰交易的地点在米花镇的一个大厦酒吧，柯南坐电梯前往时那个酒吧也被炸掉，让柯南再次断绝黑衣人的线索，但得知了黑衣人与酒有关系，原来组织是想用高价买下优秀的软体设计师名单。（主线：电玩公司事件）
之后，福尔摩斯迷案件中，服部平次再次出现，并且发现了柯南的推理，和上次工藤新一出现的前后和柯南的出现前后，推理出来工藤新一可能吃药变成了这个小孩。解决案件后，他们报警逮捕犯人，服部平次逼迫柯南说出来了身份，对这件事难以置信。从此，服部平次成为了工藤新一（柯南）的战略伙伴，经常协助柯南。
这天，服部平次邀请小五郎 柯南 小兰等人来到大阪，黑衣组织逃亡的杀手沼渊己一郎犯案，被大泷警官逮捕时趁机脱离，持刀前冲准备杀小兰被柯南用脸撞上他，柯南救了小兰。沼渊己一郎被捕，后来又再次越狱。
幽灵船杀人事件 雪山山庄杀人事件 雾天狗传说杀人事件 暗夜公爵杀人事件 名家连续惨死事件 也全部都是经典案件，柯南替小五郎一一破案，赢得了横沟警官的尊重，推荐你们去看。（服部平次得知身份）
日本以艺术品为目标的超级怪盗，国际罪犯代码为“1412”，专门在夜晚作案，身穿白色礼服，戴着特制的单眼护目镜，背后的披风可以变为滑翔翼，善于各种魔术手法，精通易容，更能够不借助道具而模仿任何人的声音，打听好他人底细后，经常可以完美的装扮成别人，神出鬼没地盗取预告的目标，玩弄警察于掌中。世人称他为“月光下的魔术师”、“平成的亚森．罗宾”。
这天，怪盗基德准备在米花博物馆展览会上盗取铃木家的宝石黑暗星辰，并发盗取通知信留下暗号给铃木家。铃木园子邀请小兰和柯南及小五郎去参加展览会，柯南解开怪盗KID盗窃预告函其中的暗号地点，来到米花饭店大楼楼顶天台。这时，阿笠博士通话告诉柯南，怪盗基德在八年前神秘失踪，八年后又再次现身开始盗窃，人称平成年代的鲁邦、月光下的魔术师，罪犯代码为1412因一个推理小说家看错而念成KID。
这时，月光下的魔术师，怪盗KID身披白色斗篷、身穿白色礼服、头戴白色礼帽降临在天台，柯南推测出基德年龄在二十岁左右甚至更年轻，并燃放烟花引起警察注意。然后，一样解开暗号的中森警官赶到，怪盗基德逃跑。之后，展览会中柯南识破怪盗基德易容的人和魔术，从此柯南获得基德克星称号。（怪盗基德登场）
两个月后，黑衣组织对工藤新一的死展开调查，来到工藤新一家的别墅，药物科学家成员雪莉发现，工藤新一家已经布满灰尘，只有工藤新一小时候的衣服消失，桌子上的照片有着新一和小兰的合照，雪莉想起来那天在车上见过走在路上的新一小兰。而且，雪莉自己研发的药物刚好对小白鼠做过实验，结果成功。还有那天和自己姐姐喝下午茶聊天时，想起姐姐提到过的毛利小五郎身边的聪明小男孩柯南，雪莉就明白工藤新一吃药变小成为了小孩，化名江户川柯南住在自己女朋友家，雪莉为了调查将组织死亡名单上，工藤新一名字后面的不明改成了死亡。（组织的调查）
GIN通称“琴酒”，有着飘逸的银色长发，头戴黑色礼帽，身穿黑色风衣，性格冷酷。新一就是被他从背后打倒，再灌下了组织未开发完成的药物变小。琴酒有着冷酷的眼神，杀过许多人也不在乎的样子,在组织里有极高的地位。有一辆从德国买来的黑色保时捷，型号是356A。 左撇子，有相当好的头脑。Vodka通称‘伏特加’，身材非常壮，专门负责开车等工作，称呼琴酒为“大哥”。tequila通称“龙舌兰”，身材高大，在组织负责接取寻找软体设计师任务，出现在满天堂电玩公司游戏发布会，不幸因拿错箱子被炸死。
他们所在的组织是跨国犯罪集团，杀人从来不会留下痕迹，寻找开发人员来研究神秘药物和游戏软体，资产雄厚。组织成员的衣服也都如乌鸦般漆黑，代号也都是外国酒名，这个组织神秘而庞大，保密性极高，成员之间也都不一定相互认识。组织在政治界和经济界及科学界都有很深的人脉，经常暗杀阻碍组织利益的重要人物，再以金钱收买。FBI和CIA在很多年前就开始向这个组织进行调查且派出卧底，很多精英都为了调查组织而殉职。然而，17年前组织的二号人物犯下的失误，也将成为银色子弹推翻组织的关键。（主线开始：宫野篇）
第三个月，黑衣组织底层成员宫野明美，男朋友两年前逃离组织，FBI卧底身份暴露，宫野明美身处危机。宫野明美她妹妹是组织的药物科学家，所以组织没有对她下手。但是宫野明美为了带妹妹逃离组织，接取了组织交代的银行抢劫十亿元任务，化名广田雅美，在银行当收款员，与柯南相识。这天，宫野明美与两名同伙一起抢劫了运钞车，被来存侦探费的小五郎和柯南正好碰上，报警后追赶歹徒的车子但还是将其跑掉。
第二天，新闻上报导那其中两名抢劫犯已经被暗杀，现场留下了广田雅美的口红，柯南得知广田雅美就是第三名犯人，且策划这起抢劫案的人还另有别人。柯南赶往广田雅美家找到钥匙进入，却被广田雅美打晕。广田雅美开车去见组织干部琴酒与伏特加，被柯南安装追踪器在车上，到达地点时宫野明美询问琴酒为什么要杀那两名同伙，却被琴酒开枪击中腹部杀死。宫野明美临死前柯南赶到，向广田雅美说出自己工藤新一的身份，宫野明美告诉柯南那是一个谜团重重的组织，自己只是身处底层，组织的代表颜色是黑色，成员衣服都如乌鸦般漆黑。柯南得知是黑衣组织所为，宫野明美告诉柯南十亿元钞票的位置以及钥匙。柯南打电话通知警察来到，找到了十亿元钞票，宫野明美（广田雅美）被判定为自杀。
宫野明美被琴酒枪杀后，妹妹宫野志保（雪莉）开始反抗组织，中断对APTX药物的开发，被关在了实验所的毒气室里。就在雪莉绝望时，吃下自己研发的药物APTX来自杀，却幸运的奇迹生还，身体缩小为小学生。变小的雪莉从手铐中挣脱出来，并从垃圾口逃离实验所。雪莉把希望放到未确定死亡的高中生侦探工藤新一家，来到门口在大雨中倒了下去。不久，变小的雪莉就被阿笠博士发现救了她。
组织在雪莉叛逃后烧掉了她所在的实验所，为了防止她透露有关组织的相关信息。雪莉醒来后解释了自己是组织药物科学家，叛逃组织身体变小，说出了有关组织的事情，以及对工藤新一的调查。阿笠博士要求她化名灰原哀，住在自己家和他一起生活，并前往帝丹小学和柯南同班……
这天，柯南班上来了位新女同学，名字叫做灰原哀，性格有点高冷不爱说话，她加入了少年侦探团一起去调查班里的人委托。那个人他哥是个画家，已经失踪了几天，根据他哥留下的线索柯南带领侦探团找到被绑架的位置。画假钞的犯罪组织把他哥绑走来画假钞，侦探团报了警逮捕了这些人。就在他们回家的路上，由于柯南和灰原哀都住在米花町，所以结伴而行。途中灰原哀突然称呼柯南为工藤新一，灰原哀吓到柯南说出自己是组织成员雪莉，和他一样吃下药物变小。柯南这才想起来灰原哀的家庭地址就是博士家，灰原哀编造故事说博士已经被组织杀了，柯南得知后拼命前往博士家，发现这里没有被入侵过的痕迹。不久，博士从里屋出来，灰原哀也进入家门。（灰原哀登场）
阿笠博士和柯南解释了一切，灰原哀是叛逃组织变小来到这里被他收留。灰原哀本是组织的药物科学家，变小药的名字叫做APTX4869，是灰原哀根据她死去的父母剩下的资料研究而成。并且组织早已经对工藤新一家进行过调查，灰原哀发现了工藤新一小时候的衣服消失，自己也已经对小白鼠进行过药物实验，所以灰原哀为了调查把组织死亡人员名单上工藤新一的名字改成了死亡。在灰原哀姐姐被组织杀了后，灰原哀被关了起来绝望时也吃下了那个药来找工藤新一，被阿笠博士收留。
柯南要求灰原哀带他去组织的实验所，但是新闻已经报道那个公司大楼已经被组织烧掉。由于灰原哀是变小药的开发者，所以还有可能研发出恢复药，柯南让她暂时住在米花町阿笠博士家。灰原哀自称曾去美国留学过一段时间，但她姐姐却留在了日本，回国后就继承了父母的事业来开发药物，但是自己研发的药物却好像害死了很多无辜的人。灰原哀的姐姐就是为了带自己逃离组织所以才会接取组织的任务，不过姐姐能上一般的学校交普通的朋友跟别人一样去旅行，让灰原哀非常羡慕。
灰原哀的姐姐宫野明美曾把旅行时拍的照片磁片放到大学教授那，内含药物资料。他就是南洋大学的教授，广田正己。阿笠博士打听到南洋大学教授的电话号码，自称宫野明美的朋友，通知广田教授准备去取照片磁片。来到广田教授家里，广田夫人迎接他们，打开房门后却发现广田教授已经被书架压死倒在血流中。横沟警官来调查此案，灰原哀打开广田教授的电脑发现磁片已经全部消失。这时，灰原哀想起来姐姐死前和自己喝下午茶时的谈话，姐姐提到了毛利侦探所的小男孩柯南非常成熟不像个小孩，之后姐姐被杀后尸体被警察处理，新闻报纸照片中也出现了柯南。最后，柯南利用变声器模仿阿笠博士声音破解案件，犯人白仓阳因为自己穿女装的照片被教授保管，教授不肯归还所以杀了广田教授，取走照片磁片。逮捕白仓阳后，灰原哀哭着询问柯南为什么不救她姐姐，柯南才明白宫野明美就是广田雅美，广田雅美只是按照教授取的假名。灰原哀痛苦欲绝，痛恨江户川柯南没有救她姐姐。拿到了药物磁片后，在博士家进行破解，没想到却被称为暗夜男爵的病毒黑掉，因为必须要用组织内的电脑才能破解。（宫野篇结束）
之后，魔术爱好者杀人事件柯南也利用铃木园子破案，怪盗基德第二次现身。蓝色古堡事件 结婚前夕杀人事件 神秘老人失踪事件灰原哀也都有帮助柯南解决案件。
第四个月，宫野明美的FBI联邦调查局探员男朋友赤井秀一终于忍不住了，在美国纽约和FBI女探员朱蒂斯泰琳一起追杀黑衣组织女成员贝尔摩德，贝尔摩德逃离美国前往日本与琴酒见面，并且想去见自己的救命恩人毛利兰和工藤新一。来到日本，贝尔摩德发现工藤新一消失已久，毛利兰身边多出了一个小男孩柯南。
贝尔摩德的真实身份是美国女明星莎朗温亚德，曾获得奥斯卡奖，日本著名魔术师黑羽盗一的徒弟，藤峰有希子的朋友，拥有超高易容术强于有希子，且拥有变声术能够模仿任何人声音。自称克丽丝温亚德是自己的女儿，实际上是同一个人自导自演，最后以参加莎郎葬礼的形式宣告莎郎已死，以克丽丝温雅德的身份继续存活，疑似吃过APTX4869药而长生不老。（贝尔摩德篇开始）
贝尔摩德在二十年前杀了掌握组织情报的朱蒂一家放火烧掉，对幼年朱蒂说出了神秘女人更有魅力的话，之后幼年朱蒂被她父亲的朋友保护起来，成年后加入FBI为父亲报仇，贝尔摩德指纹被朱蒂录取查出来身份是克莉丝温雅德并和母亲莎郎是同一个人。
贝尔摩德以莎郎的身份与工藤新一的母亲有希子是朋友关系，一年前有希子带新一小兰去纽约看舞台戏时，贝尔摩德以莎郎的身份迎接她们，之后为了逃避赤井秀一追杀，杀了美国纽约的公路杀人魔易容成他，躲进一个巷子的房子里偶遇捡东西的新一小兰，准备杀了小兰时贝尔摩德掉下楼梯，被小兰拉住救了贝尔摩德一命，工藤新一放过公路恶魔（贝尔摩德)，从此贝尔摩德被感化称呼小兰为angel。所以贝尔摩德来到日本才会去寻找自己救命恩人毛利兰，但是当她看到组织死亡名单上工藤新一的名字时更是要去调查。
小兰的校医新出智明，他家里发生过一起杀人案，被柯南利用小五郎破解案件。但是犯人虽然不是他们家的管家，但也因管家的失误而造成死亡，为了不让管家自责警察隐瞒了案件真相。得知柯南身份的服部平次，柯南汇报给他灰原哀出现的事情，在鸟取县破解蜘蛛之家古怪事件。贝尔摩德来到日本后，发现了工藤新一已经失踪很久，小兰的父亲也随之名声大震，还有柯南也引起贝尔摩德注意。（新出医生登场）
这天，柯南和灰原哀放学回家的路上，正好看到停在马路上的黑色保时捷，型号是356A，与琴酒的车牌号相同。柯南得知后，为了掌握组织线索立马联络到博士来到，使用工具打开车门安装发讯器和窃听器，灰原哀的一根头发掉落在车内。不久，琴酒和伏特加来到把保时捷开走后，柯南和灰原哀坐博士车子跟踪，窃听到组织在杯户饭店的暗杀活动。行动人员代号皮斯可，将在会场中暗杀会议员吞口重彦，来自组织boss的命令。这时，琴酒发现了灰原哀的头发，得知雪莉来过她的车上，随后也找到了柯南安装的发讯器和窃听器并销毁。柯南得知已经暴露，幸好车上的指纹已经被他擦掉，准备前往杯户饭店阻止暗杀计划。琴酒通知皮斯可让他埋伏雪莉，发给他雪莉的图片，告诉皮斯可如果要杀人就算使用那个药物也无所谓。琴酒也得知雪莉就住在米花町附近。
柯南和灰原哀来到杯户饭店，在会场寻找皮斯可，使用变声器通知目暮警官提前来到现场，来参加会场的人被分配了不同颜色的手帕。克莉丝温雅德也来参加相思会，协助皮斯可杀人。警察们开始保护起吞口重彦，就在会场开始播放幻灯片的时候，发现吞口重彦已经消失，警察开始寻找。这时灯光亮起，吞口重彦已经被吊灯砸死。组织的暗杀计划成功，但是皮斯可杀人照片却被某个摄像师不小心拍下来，并留下紫色手帕被柯南捡到。吞口重彦被杀事件上了新闻播导。
柯南调查所有紫色手帕的人员，但皮斯可因为见过雪莉小时候，把灰原哀迷昏带到酒窖中。柯南发现灰原哀失踪后，使用侦探团徽章联络灰原哀，灰原哀醒来后告诉自己被皮斯可带到酒窖，柯南让她喝下酒窖的白干酒。灰原哀打开皮斯可的电脑，把药物的资料破解后存在U盘上。这时，琴酒和伏特加因为接受不到皮斯可电脑的发讯器，而前往酒窖寻找皮斯可。柯南发现后也立刻前往，询问柜台人员那个酒窖的地点。不久，琴酒和伏特加赶到酒窖，灰原哀喝下白干酒身体恢复，躲到壁炉内，琴酒因皮斯可没在酒窖就离开了，但他感受到了壁炉内雪莉的呼吸，开始上楼顶埋伏雪莉。变大的灰原哀带着U盘在壁炉内和柯南对话，得知白干酒能让身体暂时恢复，柯南也推理出皮斯可的身份是汽车公司老板枡山宪三。
天空已经下起了雪，灰原哀爬上烟囱来到杯户饭店楼顶，却被琴酒一枪击中。琴酒说到他发现了灰原哀的茶色头发才知道了雪莉的行动，并询问灰原哀是被皮斯可抓去酒窖的还是跟踪的。刚才琴酒就在酒窖已经清楚的听到了雪莉的呼吸声，就知道雪莉要来到这里。琴酒询问她是用什么方法在毒气室里消失的，但雪莉始终没有回答又朝雪莉开了几枪，准备杀了雪莉。
就在这时，柯南从背后来到朝琴酒射向麻醉针，并使用变声器让灰原哀跳下烟囱。伏特加朝柯南开枪但让柯南躲掉，柯南又朝琴酒补上麻醉针，赶往楼下去救灰原哀。雪莉身体再次变回灰原哀，整个过程被皮斯可看下，皮斯可说出自己与灰原哀父母感情很深，但是由于组织boss命令还是准备杀了志保。就在这时，柯南使用变声器揭露皮斯可身份，说出皮斯可是用装了消音器的手枪打掉吊灯杀了吞口重彦，并在吊灯的环上涂上荧光涂料，所以才能在黑暗中看到并击中，但是如果直接开枪会出现火花，所以皮斯可用紫色手帕盖在枪口，成功完成了暗杀计划。
这时，皮斯可被柯南用扩音器引到酒精瓶箱子处，皮斯可以为柯南在这讲话便朝酒精瓶箱子开了三枪，酒精溢出。翻开酒精箱子，皮斯可才知道是扩音器，并询问柯南到底是谁。柯南主动出现，对皮斯可说我叫江户川柯南是个侦探，皮斯可被惊讶得知事先通知警察来到会场的也是柯南。皮斯可准备杀了柯南，嘴里的香烟却掉入酒精里，整个酒窖燃起大火。柯南带着灰原哀离开酒窖，准备让警察逮捕琴酒和伏特加皮斯可，然而柯南并没有想到琴酒居然抑制住了麻醉针，从杯户饭店楼顶跳入酒窖，枪口直接对着皮斯可。皮斯可杀人时的照片被摄像师拍下来，所以组织boss让琴酒杀了他，所以雪莉变小的事没有暴露。琴酒说出皮斯可是靠组织boss的力量才能成为汽车公司老板，杀了皮斯可后带着伏特加和贝尔摩德离开，柯南也从窃听器里也得知皮斯可被琴酒杀死的事。
灰原哀被送到了医院治疗，柯南使用变声器告诉目暮警官参加这次案件的原因，吞口重彦被杀的事上了新闻。（第一次与组织对决）
四个月半，帝丹高中话剧社开始举办舞台戏，这天晚上在侦探所的小兰练习着台词负责扮演公主，公主将与黑衣骑士拥吻，而扮演黑衣骑士的人却是新出智明。柯南和小五郎得知后立马阻止小兰和新出演戏，小兰开始承认他们只是请新出医生来看表演，至于黑衣骑士可以女扮男装，柯南和小五郎才放心。小五郎说侦探所的浴缸已经坏掉，柯南和小兰去阿笠博士家借浴室洗澡，柯南告诉博士小兰对他的态度越来越不像高中生看小学生，这时灰原哀说出柯南是工藤新一的身份可能已经被小兰看穿。小兰开始怀疑柯南身份。
周末，阿笠博士带着少年侦探团来到野外露营，当他们搜集木柴时光彦 步美 元太 柯南发现了一座钟乳石洞。他们用手表型手电筒下去探险，打算寻找地下宝藏，柯南在前面发现了一根香烟。不久，他们遇上了三个人在埋尸体，歹徒发现了他们，柯南为了保护侦探团中弹。柯南负伤带领侦探团躲在一块石头后面，听到得知这些歹徒是在抢银行时一位同伙被人看到，所以就杀了同伙在这里埋尸体，开始四处寻找侦探团将其杀死。
柯南用侦探团徽章联络灰原哀，但灰原哀因为正在烧烤没有听到。柯南的血流了一片，步美 光彦 元太都在关心，将柯南贴上大型创可贴后元太背着柯南前往洞窟内部。歹徒发现了柯南的血迹开始向洞窟内部寻找侦探团，步美哭着对柯南说这件事怪她，要来钟乳石洞探险柯南才会受伤，光彦 元太也纷纷自责，柯南却鼓励他们发现了这个钟乳石洞才能让这起谋杀案得以破解，这时他们已经来到了分叉口。
夜晚，阿笠博士和灰原哀发现侦探团还没有回来，就去森林里去寻找，在钟乳石洞前发现了柴火就得知侦探团进了钟乳石洞。光彦故意在自己选择的一边留下手表型手电筒，好让歹徒以为我们是故意留下痕迹而去了那边，所以歹徒成功和侦探团走了不同的路。
灰原哀和博士来到洞窟内寻找侦探团，发现了柯南的眼镜，还有发讯器，灰原哀使用追踪眼镜探测出每个发讯器位置摆出了个字110，得知侦探团遇难了报了警，打听到钟乳石洞出口让警察埋伏。歹徒追到尽头的时候，才知道他们被侦探团骗了，开始返回原路去另一边追杀侦探团。柯南的意识越来越模糊，直到昏迷歹徒追到这里，侦探团躲了起来。之后，侦探团使用徽章引来蝙蝠解决一位歹徒，带着柯南跑到出口，警察也已经被阿笠博士打电话叫来，柯南被歹徒挟持时使用麻醉针击晕从而解决案件，三名歹徒被警察逮捕。
柯南受了重伤，来到杯户医院被小兰献血救了一命，小兰很清楚工藤新一的血型，所以她在暗示已经得知柯南身份。当柯南醒来时，毛利小五郎告诉柯南他血型的血液医院已经没了，只有小兰和柯南同血型，所以小兰给柯南献了血。几天后，柯南身体已经恢复了一部分，侦探团以及铃木园子和小兰一起看望柯南，也快到了帝丹高中话剧社舞台戏的日子，小兰想让柯南也去看戏。服部平次和他青梅竹马：远山和叶也来看望柯南，当服部平次单独留在房间和柯南相处时，服部平次告诉他昨晚接到了阿笠博士的电话，阿笠博士告诉他柯南的身份快要被小兰识破，服部平次也告诉柯南小兰没有直接说出柯南的身份是因为她想让柯南主动说出一切。夜晚，柯南在床上准备向小兰坦白一切时，灰原哀却持枪对着柯南。（负伤的名侦探）
灰原哀告诉柯南，他们的身份很可能已经暴露，杯户饭店那次除了皮斯可还有另一个组织成员。柯南开始改变主意，向灰原哀要来APTX4869药物的解药半成品，去参加帝丹高中的舞台戏扮成黑衣骑士和小兰演戏，让灰原哀扮成柯南去看舞台戏好对小兰继续隐瞒身份。
帝丹高中舞台戏举办这天，台下聚集了很多观众。灰原哀戴上口罩易容成柯南使用变声器和小兰对话，之后坐在观众席。当工藤新一扮演黑衣骑士和小兰演戏时，两人进行拥抱，服部平次坐在了灰原哀身边。小兰继续她的台词时，现场却发生了杀人案。
目暮警官 高木警官来到现场，服部平次在现场找不到杀人证据时，新一穿着黑衣骑士向警察说出这是起谋杀案，随后摘下黑衣骑士的头盔，引起众人喧哗，工藤新一回来了。这一刻小兰既惊讶又开心，才知道和她演戏的人不是新出医生，而是思念已久的新一，也彻底失去了对柯南的怀疑。随后，新一和服部平次一起破解了案件，找到杀手并逮捕。不久，新一身体突然发作，昏迷被送往医务室。服部平次告诉新一班级的同学和警察，不要将他回来的事情宣传出去。
工藤新一醒来时，身体依旧是高中生没有变小，并回到自己家居住，以灰原哀生病为由请假休学。新一和小兰一起去上课时，同学告诉新一班里来了位女英文老师是美国人（朱蒂）……
到了晚上时，新一偷了父亲工藤优作的金卡，去了他父母曾经来过的意大利饭店和小兰约会，准备向小兰表白时。这个饭店发生了杀人案，破解案件后新一身体才恢复成了柯南，向小兰解释美国还有重要案子所以先暂时离开日本。（黑衣骑士，第二次恢复身体）
时间线来到工藤新一变小前。怪盗基德准备盗取一座钟台，工藤新一正好和目暮警官坐直升机路过那里，工藤新一协助中森部下的警察逮捕基德，揭露了基德的套路，把基德逼到隧道出口，工藤新一向怪盗基德开枪，怪盗基德却跳入人海逃走。
时间线回归到工藤新一变小小五郎出名后毛利小五郎受到邀请来到黄昏之馆，和很多侦探一起，黄昏之馆的门、地板、扶手、餐具、国际象棋棋子所有的东西上都刻有乌鸦图案。 侦探们推论出这次的主角是怪盗基德要盗取宝物而来。而邀请他们来到的人并没有露面，而是用扩声器告诉他们，这座黄昏之馆是几十年前的大富豪乌丸莲耶的建筑……
40 年前，以纪念乌丸莲耶逝世为由在乌丸莲耶的别墅——黄昏之馆举行大型的拍卖会，邀请了社会各界知名的政治家，经济家前来参加。该次拍卖的乌丸莲耶生前收集的珍贵艺术品多达 300 多件，因为而拍卖会要持续进行 3 天。
就在第二天暴风雨的夜晚，突然有两位浑身被雨淋湿的男子造访别墅，他们因为这场暴风雨迷了路，想在别墅里避雨直到大雨结束。拍卖会的主办人开始并没有同意，之后两名男子拿给主办人一包白色的东西，里面是香烟（其实是大麻），希望当做收容他们的谢礼。
主办人抽了一支后忽然精神大振，并邀请他们进屋，于是屋内的其他参加拍卖会的宾客也在两名男子的劝诱下抽起了男子带来的烟。过了不久宾客们虽然仍然处于亢奋的喧闹之中，但是情况却发生了变化，一个男人像是看见恶魔一样惨叫着抱着竞拍的艺术品跑到屋外；一个女的像是在哀求原谅似地不停哭泣；还有一个男人兴奋的拿起手上的钢笔不断地朝自己的手腕猛刺。
不久，屋内的宾客们开始争夺艺术品，并拿起会场里的名刀宝剑互相砍杀，整个会场顿时变成人间炼狱！一夜之后，会场上只留下八名死者和十多名昏睡的宾客，而那两个神秘男子连同会场上的艺术品都消失的无影无踪。
贝尔摩德杀了新出医生，易容成他开始接近小兰，被FBI朱蒂发现救了新出并运往美国保护。朱蒂也来到小兰班级当英文老师，追捕贝尔摩德。贝尔摩德盗取了警视厅毛利小五郎的资料以及新出医生后母的资料，并开始盯上毛利侦探所，赤井秀一也开始监视侦探所。（朱蒂登场）
贝尔摩德发现工藤新一失踪时间与毛利小五郎出名时间相符和，而且小兰身边多出了个小男孩柯南每次案件都在小五郎身边，便开始怀疑柯南和灰原哀，以新出医生的身份对帝丹小学的学生进行检查，并和侦探团一起搭乘公交车，朱蒂 赤井秀一也紧追随后，途中不幸遇到抢劫犯，他们在车上放置了炸弹威胁，之后被朱蒂 柯南设法解决。灰原哀对赤井秀一和新出医生有种恐惧的第六感，当全车乘客都逃离车上时，灰原哀打算逃避结束自己的生命，依然坐在车上等待死亡。就在这时，柯南来到抱着灰原哀跳下公交车救了灰原哀。柯南救灰原的举动更是引起贝尔摩德的注意。（赤井秀一登场）
这天，FBI年纪较大的探员詹姆斯布莱克被当成国外动物园院长，遭到抢匪绑架，留下证物给侦探团，侦探团们报警和警察想法逮到了抢匪，最后詹姆斯被赤井秀一带走。（詹姆斯登场）
这天，逃犯沼渊己一郎出现在森林，光彦那次正好失踪，警察逮捕沼渊己一郎后也找到了光彦，沼渊己一郎被判死刑，柯南在灰原哀口中得知他曾经是黑衣组织的成员。
这天，高木警官告诉柯南，小五郎的警视厅资料曾被人盗走，不久又被归还，柯南得知自己和小五郎已经被人盯上。柯南也查到了杯户饭店追思会后，紫色手帕中在新闻界销声匿迹的名人，美国电影女明星克丽丝温亚德是黑衣组织的人。柯南让阿笠博士调查克丽丝温雅德发现她曾经出现在自己母亲莎郎的葬礼上，说出了神秘的女人更有魅力这句话。
第五个月，服部平次 远山和叶 小兰 江户川柯南等人来到了自称长生不老的人鱼岛，服部平次 柯南在此发现了官职人员 财务大臣的名单，其中居然有宫野志保的名字，旁边有黑泽阵 鱼冢三郎的名字，疑似琴酒和伏特加真名。（伏笔）
小兰在日本协助佐藤警官和高木警官恋爱时再次偶遇戴针织帽的赤井秀一，并且对他有种似曾见过的感觉。后来小兰在破案过后发烧昏倒时想起了纽约的那位FBI探员…
一年前，工藤新一破解纽约案件后，贝尔摩德杀了纽约公路恶魔易容成他逃避赤井秀一追杀，工藤新一和小兰坐车回美国酒店的路上，小兰的手帕不小心被风刮到了一条小巷的房子上面，工藤新一进入房子捡手帕小兰在原地等候，不久赤井秀一出现在小兰面前询问她有没有见到金色长头发的人，小兰回答没有。计程车司机以为赤井秀一就是公路恶魔，所以开车逃跑，但小兰看到了赤井秀一同伴衣服上FBI的标志，随后赤井秀一转身坐车离开。
小兰进入房子寻找新一，却遇见了贝尔摩德伪装的公路恶魔，贝尔摩德准备杀小兰拿手枪威胁，新一从楼上大喊快跑他就是公路恶魔，这时贝尔摩德从坏掉的栏杆那掉下去，小兰和新一却抓住了她胳膊拉上来救了贝尔摩德。新一抱着小兰离开并对公路恶魔（贝尔摩德）说杀人的理由他不知道，但是救人绝对不需要理由 ，并放过公路恶魔（贝尔摩德），贝尔摩德因此被感化。（贝尔摩德与主角的故事）
这天，毛利侦探所接到了三个寻找著名游戏软体工程师板仓卓的人，其中一人提到两年前有位高大黑衣男子曾寻找过板仓卓，带着浓厚的关西口腔。柯南联想到龙舌兰便知道板仓卓与黑衣组织有接触，于是和小五郎他们一起前往板仓卓的公寓。板仓卓死在了家里，警察来到后破解案件找到了凶手，相马。相马在二十年前就和板仓卓认识，是将棋俱乐部的伙伴，板仓卓曾说过一定要开发出能打倒将棋名人的软件…
柯南趁机取走了板仓卓标着日记的光盘，成功掌握组织线索。柯南准备前往阿笠博士家破解光盘，途中和小兰偶遇追查贝尔摩德的赤井秀一，赤井秀一从电话亭里出来把小兰当成宫野明美，说出了你还是那么爱哭啊这句话。柯南想起了公交车事件，在小兰口中得知赤井秀一是FBI，但是美国FBI调查局为何要来日本，柯南开始对赤井秀一谨慎。
来到阿笠博士家，光盘被破解，提到两年前带着关西口腔的大汉找到板仓卓，说对他曾经开发过的软件感兴趣，但板仓卓说自己的眼睛不行了，拒绝开发。大汉生气而归，这个人就是电玩公司中被炸死的tequila龙舌兰。之后，板仓卓家频繁被秘密闯入，板仓卓无法忍受了便留下字条“愿意接受一切条件”。一天后入侵者回了一张便签，上面是用血写的OK和一串奇怪的电话号码。板仓卓打了过去电话号码对方是个女人，这个女人在电话中威胁他在一年内完成那个软件，组织愿意用高价买下。板仓卓询问那个女人是谁，女人回答我们既是上帝也是魔鬼，因为我们要逆转时间的洪流让死人复活。（剧场版贝克街的亡灵，弘树就是靠游戏软体继续存活）。后来柯南就在电玩公司偶遇了龙舌兰，不幸被炸死了。那个女人把联系方式换成了电子邮件，板仓卓为了自己的眼睛也为了全人类放弃开发这个软体，把未开发完成的软体放到了别墅，并且准备逃到国外，而把那个游戏软体交给组织的日子就是明天，组织会在夜晚十二点用电子邮件发来交易方式。（板仓卓的日记）
柯南和阿笠博士在晚上来到板仓卓在群马县的别墅调查，找到游戏软体并打开电脑接收邮件却需要密码被伏特加察觉，伏特加打给别墅电话，柯南用变声器伪装板仓卓声音与他对话，伏特加说交易时间在明晚十二点地点在东京一处施工中的车站储物柜，但被柯南设计提前进行交易在今天凌晨四点。组织在车站附近埋伏好人监视，准备杀掉板仓卓。阿笠博士和柯南准备前往交易地点时，车子轮胎爆掉，把金龟车丢在马路上，后被群马县警察山村处理。阿笠博士和柯南乘坐路人的车子，途中柯南发现这伙人是最近登上报纸的珠宝大盗，柯南说出真相珠宝大盗准备杀他和博士，柯南用足球扩大器解决了他们报警抓捕。来到交易地点，柯南把未开发完成的软体放在柜子上，并漏出支票的一角，准备录取伏特加指纹，自己躲进后面的柜子。看守车站的组织成员告诉伏特加有三个大汉和一个小孩进入了储物柜处，伏特加指纹马上被柯南录取时，琴酒突然出现在储物柜，枪口对向伏特加，识破了柯南的阴谋，拆穿设计这个计划的人并不是板仓卓。琴酒和伏特加分头行动包围柯南，然而柯南躲进了柜子里，当琴酒掀开上面两层柜子后掀开柯南所在第三层柜子一半，又说到大汉就算练了软骨功也不可能躲进这里，并对伏特加说以后要小心下次可就没这么幸运了，柯南被吓晕在柜子里。琴酒带着伏特加离开了车站。第二天，板仓卓已经死亡的事情上了新闻，伏特加得知此事另有别人所为。柯南被灰原哀用追踪眼镜找到，在回家的路上与赤井秀一擦肩而过。FBI搜查官赤井秀一耳机里听到板仓卓死讯后便不可思议的看向柯南和灰原哀，并被灰原哀感受到。（第二次与组织对决）
怪盗基德再次登场，向民众展示神奇的空中漫步，发送预告函再次消失。第二次，柯南解开基德的空中漫步原理，让警察们准备逮捕基德，不幸基德逃脱，基德从此对柯南这个小男孩注意。之后，服部平次和柯南一起追捕怪盗基德，怪盗基德乘滑翔翼飞行时被俄国专门狙击右眼的犯人史考兵狙击右眼护目镜后失踪，扮成白鸟警官窃听得知柯南是工藤新一的身份，来到百年前的城堡建筑，俄国人史考兵准备盗取宝物是个女人准备杀柯南被基德用扑克牌枪救下，史考兵被解决逮捕。基德也为了还柯南救白鸽的人情，易容成工藤新一替柯南解小兰怀疑他身份的危难。（怪盗基德得知身份）
这天，阿笠博士带侦探团前往露营，柯南询问博士板仓卓日记的内容是否了解，博士回答威胁板仓卓那个女人通话中有只猫叫声出现，完了那个女人焦虑的挂掉了电话。随后，阿笠博士提到灰原哀父母。阿笠博士告诉柯南，自己曾经认识灰原哀的父母，宫野厚司曾经出现在新发明发布会上，两人关系良好，他被称为“疯狂科学家”。宫野厚司妻子爱莲娜是英国人，宫野厚司去留学时认识的爱莲娜。
之后，灰原哀得了重病卧床不起，贝尔摩德以新出医生的身份向灰原哀看病，安装窃听器得知他们变小的事情，在自己办公室贴上了灰原哀图片用刀子插上，旁边也贴上了柯南和小兰的图片，朱蒂偷偷进入办公室发现图片，开始暗中保护灰原哀。阿笠博士带灰原哀和柯南去宫野厚司的一个设计师朋友所在的公司，宫野厚司朋友出岛壮平声称他们已经30年没有见面，宫野厚司当时称要去大型组织做研究，柯南推论出是黑衣组织。
之后 ，另一个成员说到宫野厚司二十年前回来过一次，带着一个外国老婆和五六岁的女儿（宫野明美），当时窗外有辆漆黑的车子（黑衣组织监视他们），之后宫野一家再没有来过这里。前段时间，成年后的宫野明美来过一次，并在厕所留下了给妹妹志保的录音带，柯南和灰原哀寻找这个录音带。不久，这个公司遇上了杀人案，破解案件后柯南他们找到了录音带，得知那是爱莲娜留给灰原哀11岁生日祝福的话。（灰原哀暴露）
小兰在朱蒂老师家发现了工藤新一等人的照片，开始对朱蒂怀疑。贝尔摩德从机场接来同伙卡尔瓦多斯，准备好了杀雪莉的行动。
万圣节，贝尔摩德邮寄信件邀请毛利小五郎 工藤新一 参加幽灵船派对，留名贝尔摩德。园子 小五郎扮成巫女和吸血鬼一同前往，柯南知道这个贝尔摩德是酒名，而且就是组织的人，想把自己调开然后把灰原哀带走。柯南便邀请有希子回国扮成美杜莎和自己好兄弟服部平次扮成自己参加派对，柯南被有希子易容成灰原哀，等待贝尔摩德的行动。
贝尔摩德协助船上扮演狼人的人杀人犯案，准备让工藤新一 毛利小五郎破案。琴酒也让伏特加前往幽灵船参加派对，协助贝尔摩德。柯南扮成灰原哀等待贝尔摩德的行动，被朱蒂提前一步带走柯南假扮的灰原哀，新出医生的车子紧追随后，另一方面船上的派对已经开始进展。
不久，幽灵船长被吊死在船帆上，毛利小五郎登场。然而，毛利小五郎的推理却是假的，这时服部平次以工藤新一的身份也再次登场，辩解了毛利小五郎的推理。（满月对决）
柯南以灰原哀的身份向朱蒂问出FBI联邦调查局真实身份，并要求朱蒂把车开到码头引诱贝尔摩德，新出医生的车追来并下车。服部平次以工藤新一的身份解开案件随后撕下面具承认自己是服部平次，引起伏特加的注意，通知琴酒可是他早忘了工藤新一这个人。
新出医生解释自己是要给灰原哀看病，询问朱蒂是想怎么样，朱蒂念出了当年杀害她父亲的人的口头禅，神秘的女人更有魅力这句话，并且说出自己的父亲二十年前被杀的事情，还有那个留下的眼镜上的指纹，是克丽丝温亚德，而且与她母亲莎郎温亚德是同一个人。朱蒂之前偷偷潜入新出的办公室发现了灰原哀的图片，并说出了新出智明家里的那起案子真相。
瞒不下去的贝尔摩德撕下新出的面具，露出二十岁女人的容颜，贝尔摩德持枪对着朱蒂说到没想到当年那个小女孩就是你，居然还活着且加入了FBI。随后贝尔摩德承认自己的确是克丽丝温亚德并且扮成过莎郎温亚德。还有贝尔摩德早就察觉了FBI来到她的办公室，FBI的人已经被她模仿朱蒂声音调走，警视厅小五郎的资料也是她盗走的。贝尔摩德被朱蒂反过来持枪对着，询问车上的灰原哀真的是她口中的雪莉吗？贝尔摩德的容颜为什么不会变老？这时，帮手卡尔瓦多斯狙中了朱蒂，贝尔摩德准备杀了朱蒂，却被灰原哀的足球打掉手枪。
灰原哀下车也撕下面具，她居然是柯南假扮的，柯南把贝尔摩德逼到狙击枪死角，用手表型麻醉针威胁，贝尔摩德被吓到。这时，真灰原哀搭车用追踪眼镜找到位置来到，贝尔摩德趁机将柯南反过来麻醉。灰原哀对贝尔摩德说要独自与组织做出了断，贝尔摩德准备杀雪莉。灰原哀却被藏在后车厢的小兰冲出来拼命护住，告诉灰原哀她已经报了警，卡尔瓦多斯狙击小兰被贝尔摩德阻止。小兰和灰原哀都已经昏迷，贝尔摩德瞄准灰原哀准备将她杀掉，被朱蒂一枪划破胳膊。
这时，FBI搜查官赤井秀一拿着散弹枪从后面出现，称呼贝尔摩德为腐烂的金苹果。随后赤井秀一使用散弹枪打断贝尔摩德的三根筋骨，声称卡尔瓦多斯的腿已经被他打断，贝尔摩德带走柯南进入车内和赤井秀一对枪，随后开车逃走打爆车子。朱蒂准备拿卡尔瓦多斯交差，结果卡尔瓦多斯开枪自杀。赤井没有和灰原哀打招呼，说现在还不是时候，并离开现场让朱蒂告诉警察这些孩子被歹徒绑架。
柯南在车内使用录音器录下贝尔摩德在车内发给boss的邮件按键声前四个音，要求贝尔摩德带他去见组织boss，如果贝尔摩德切断录音器杀了柯南，警察就会立马来到，阿笠博士也会找到位置。这时，柯南被贝尔摩德用催眠瓦斯迷昏，贝尔摩德朝腿上开枪清醒逃脱，不久阿笠博士发现了柯南。负伤的贝尔摩德在电话亭联络到琴酒，告诉琴酒自己被赤井秀一打伤，琴酒接走了贝尔摩德并询问她是否认识工藤新一，贝尔摩德回答不认识，没有上报雪莉服下APTX4869变小的事。之后，朱蒂被运往了医院，向警察解释孩子被绑架犯带着，且向小兰园子承认自己FBI的身份。柯南向有希子打听了更多关于莎郎的事，灰原哀拒绝FBI的保护策划，真的新出医生回归。（贝尔摩德篇结束）
柯南听到别人的电话按键声与贝尔摩德一样，问了之后得知那是打给鸟取县的，因此得知了那四个音是鸟取县区号0858。也就是说组织boss的邮件地址前四位就是0858。之后，柯南在被逮捕的音乐家羽贺响辅的口中得知，组织boss的邮件按键声旋律是七个孩子（歌词乌鸦乌鸦你为什么叫），柯南想起了宫野明美死前说的话。柯南准备查找这个邮件地址被灰原哀阻止，声称那是绝对不可以打开的潘多拉魔盒。（boss邮件地址）
第六个月，组织boss派出琴酒带领狙击手成员基安蒂 科恩暗杀参加竞选的土门康辉（自卫队干部，众议院选举人之一），由组织成员基尔采访他时行动。 电视台女主播水无怜奈经常出现在电视新闻播报上，其实也是组织的成员代号基尔，身份遭到怀疑准备被琴酒杀死，为了获得信任准备在公园采访土门康辉让组织暗杀。（红黑篇开始）
这天上午，毛利小五郎和冲野洋子一起拍摄广告，之后冲野洋子介绍女主播水无怜奈给毛利小五郎认识，水无怜奈委托小五郎去她所在的公寓查每个星期六都会出现门铃声的事。柯南也为了调查把窃听器粘在口香糖上安装在门口墙壁，最后犯人是一个小孩为了叫醒水无怜奈起床。
他们离开时，柯南想起来窃听器还没有取走时，听到了水无怜奈已经把窃听器踩到了鞋子上。柯南利用追踪眼睛寻找时，听到了水无怜奈的手机按键声也是七个孩子，随后她的手机通话中提到了琴酒，柯南得知她也是组织的人。柯南打电话给阿笠博士开金龟车来接他，把这件事告诉了博士和灰原哀，并听到了水无怜奈与琴酒和伏特加的汇合，组织准备在艾迪p暗杀某个人，提到了基安蒂 科恩 基尔这三个代号以及贝尔摩德。柯南询问灰原哀是否认识这三个人，灰原哀回答听说过基安蒂和科恩是组织的狙击手。这时，FBI探员朱蒂也找到了柯南，表示FBI也在调查水无怜奈，并且看到了小五郎和柯南等人来过水无怜奈的公寓。之后，朱蒂开车跟踪水无怜奈被甩开，看到了离开的小五郎等人中柯南又匆匆忙忙的跑回来。
朱蒂和柯南消息互通后，柯南得知组织要暗杀的人是父亲是防卫厅官员，日本未来首相最佳人选的土门康辉，艾迪p指的就是杯户公园。詹姆斯布莱克来到开车带走柯南和朱蒂，前往杯户公园，柯南得知詹姆斯布莱克也是FBI联邦调查局的人。
水无怜奈采访土门康辉时，科恩和基安蒂准备扣下扳机。这时，柯南要求朱蒂用手枪打穿喷水器让现场的人打起伞，黑衣组织的暗杀计划被阻止。之后，贝尔摩德易容成泥惨会大姐大，准备以碰瓷引诱土门康辉下车暗杀。FBI开车追赶在马路上骑摩托车的基尔，以为是贝尔摩德持枪威胁她时，基尔却把摩托车开到车子上面，不幸前面突然出现一个捡足球的小孩，基尔出了车祸，被FBI运往杯户医院。
不久，琴酒发现了基尔鞋底的窃听器，调查出来基尔今天委托过小五郎查案子，于是琴酒知道小五郎有问题，接到组织boss认可准备狙击杀掉小五郎。琴酒带着组织成员来到毛利侦探所对面的楼顶，对着窃听器询问毛利小五郎与雪莉的关系，毛利小五郎没有回答，频临死亡。结果琴酒被赤井秀一从更远方的大厦反狙击，第一发子弹划破琴酒脸颊毁容，随后几发子弹都击中琴酒身体，命令黑衣组织撤退。之后，土门康辉因为父亲的事而放弃竞选，黑衣组织也没对他下手。（水无怜奈登场，赤井秀一VS琴酒）
园子的男朋友京极真回国与她约会，遇到了杀人案，最后柯南解开案件，京极真躲开泥惨会（东京著名黑社会）的成员的步枪子弹，解决了这些坏人。（京极真登场）……
杯户医院的水无怜奈还是昏迷不醒，FBI等人轮流看管。酒厂，成员科恩猜测基尔已经死了的时候，基安蒂说：死了更好如果基尔还活着很可能会被FBI给洗脑。琴酒告诉她不会变成这样，因为当时基尔被组织的卧底持枪威胁时，基尔一句话也没有透露任何消息，之后趁机紧紧的咬住了那个卧底手腕，然后夺枪将他反杀。卧底质问基尔的MD里也没有基尔的声音，所以组织才信任基尔。当时，琴酒和伏特加赶到时，卧底的同伙在他面前哭丧，随后自杀。这时，伏特加在一旁询问琴酒那个卧底名字，琴酒却忘记了。
FBI调查水无怜奈的资料，发现她在加入电视台当主播之前的资料全是伪造，就连在哪出生、长大都是，赤井秀一推理出水无怜奈这个名字也是假名，他们准备拿水无怜奈引诱组织的人出现。
本堂瑛佑是水无怜奈的弟弟，自己姐姐在十年前失踪，父亲前往了美国之后牺牲了，但本堂瑛佑以为父亲还活着。那天本堂瑛佑目睹了水无怜奈的车祸，由于水无怜奈和她姐姐很像所以认为他们俩会有关系，知道水无怜奈曾经找过小五郎办案子，便转入小兰班级与小五郎认识，柯南发现本堂瑛佑的眼神和水无怜奈很像开始怀疑他。
这天，本堂瑛佑跟毛利小五郎说到一个很奇怪的打工工作，就是去回收放在鸟矢町三目丁垃圾场的垃圾，然后到下一个回收日再换回来。毛利小五郎 小兰 柯南 本堂瑛佑一起去前往，碰巧遇上了一起杀人案，在那里遇到了目睹了水无怜奈车祸的小孩，说明本堂瑛佑早就知道了故意带柯南他们来，柯南开始怀疑本堂瑛佑。那个小孩准备把目击水无怜奈车祸的事情告诉小五郎，被柯南打断。最后，柯南用麻醉针将小五郎麻醉，解决了案件，犯人就是小孩他父亲。这时，保时捷上的琴酒想起了那个卧底的名字，就是本堂。贝尔摩德也从那个小孩口中得知，水无怜奈被FBI运往了医院。（黑衣组织之影）
这天，小兰 小五郎 柯南 服部平次 远山和叶去赏花时，柯南告诉服部平次关于本堂瑛佑的事，还有电视台女主播水无怜奈也是组织成员的事，因为车祸昏迷被FBI安排在了医院中。有个人在一个网站发布了一张照片，在十几年前拍到了在大阪长的很像水无怜奈的女人照片，柯南投书给电视台调查是不是同一个人不久那个网站就关闭了，让服部平次找大泷警官调查大阪有没有姓水无或者本堂的女人。服部平次觉得本堂瑛佑很可能和水无怜奈是同伙，让柯南抓来审问，但是柯南却说感觉她俩并不像是一伙的。之后，服部平次和柯南一起去参加高中生侦探三日甲子园，白马探也有加入，并把关东的高中生侦探代表转给柯南。不久，发生了杀人案，这些高中生侦探开始调查。最后，工藤新一和服部平次查出犯人，是同样参加甲子园的高中生侦探越水三规，但真实年龄是二十岁被逮捕……
本堂瑛佑让小五郎调查自己姐姐和水无怜奈，但因为血型不同本堂瑛佑否认水无怜奈是自己失踪很久的姐姐。服部平次通话告诉柯南，大泷警官没有查到二十年间大阪学校的学生有姓水无或本堂的女人。所以服部平次只好拿水无怜奈那张照片地点附近的路人询问，结果他们都只知道她是水无怜奈。但是，服部平次问出了本堂瑛佑的线索，有人见过本堂瑛佑小时候的样子，是在一家店里。柯南把这个消息告诉阿笠博士灰原哀，向那个模型店打听，说是本堂瑛佑一个经常来光顾模型店的人的儿子。之后柯南在他父亲曾经来过的模型店的人的家，得到了本堂瑛佑小时候和父亲来店里偶然拍下来的照片。听店里的人回忆的本堂瑛佑父亲与朋友的对话，推理出他父亲是美国中央情报局CIA的人，他和水无怜奈与CIA有关系，水无怜奈的确是他姐姐。然而本堂瑛佑只知道自己姐姐与水无怜奈有关系而并不知道水无怜奈就是他姐姐。柯南把这个消息告诉了服部平次和朱蒂。朱蒂看到本堂瑛佑小时候的照片，后面他的父亲。得知是CIA的间谍伊森本堂，四年前死在横滨的仓库里，被水无怜奈杀死，不久赶来一个银色长发和带着黑墨镜的男人，伊森的同事也自杀了，由一个流浪汉亲眼目睹。朱蒂把这个消息告诉了柯南，准备找本堂瑛佑问清楚，但是小兰已经联络不上本堂瑛佑了。小兰提供给柯南线索，本堂瑛佑说是在杯户医院见到了他父亲的朋友，但是他父亲的朋友的手机按键声却是七个孩子，柯南得知组织的人已经混入医院调查水无怜奈。朱蒂联络赤井秀一，告诉他组织已经派人潜入医院的事情，来源于江户川柯南。
由于本堂瑛祐一直认为自己的血型是O型而十多年前姐姐给自己输过血，因此认为AB型的水无怜奈是把自己姐姐藏起来并整容成自己姐姐模样的坏人。但事实是水无怜奈当时为了治疗身患白血病的瑛祐而为其移植了自己的骨髓，因此瑛祐的血型由O型变成了AB型。而装作不认识瑛祐是出于对自己工作的保密性和瑛祐的安全的考虑。（本堂瑛佑登场）
黑衣组织派出楠田陆道去水无怜奈所在的医院寻找基尔，在医院拍病人所在的房间照片时被FBI发现，随后便用炸弹威胁并开车逃亡，FBI赤井秀一和柯南英勇追捕最后楠田陆道开手枪自杀。FBI等人与柯南开始商量对策，准备迎接组织的来临。（红黑决战开始）
詹姆斯提到赤井秀一曾经去过黑衣组织当卧底，化名诸星大，代号黑麦威士忌，与宫野明美谈恋爱深入组织，得到琴酒的信任。后来，FBI准备在某次秘密见面时逮捕琴酒，FBI探员卡梅隆却被组织的老人试探，赤井秀一身份暴露逃离组织返回美国，女朋友宫野明美之后被组织杀害。柯南得知赤井秀一就是灰原哀的姐夫，但没有将此告诉灰原哀。
本堂瑛佑找到了水无怜奈所在的房间，准备拿剪刀威胁，问出水无怜奈自己姐姐的下落，水无怜奈突然醒来抓住本堂瑛佑的手称呼小瑛，赤井秀一和柯南随即进入房间。
水无怜奈承认了自己是CIA情报局卧底的身份，原名本堂瑛海。4年前，组织在一次介绍新联络员的行动中，由于本堂瑛海并未发现自己衣服上藏有组织用来监视新成员的发信器，两人秘密接头之事暴露。父亲伊森本堂为了保住瑛海的性命、消除其嫌疑，向瑛海注射吐真剂，咬断自己手腕后开枪自杀，并利用自己事先录好的审问瑛海而没有录到瑛海声音的MD，使组织成员误以为“基尔发现伊森的疑点后将其带出来审问，反而被其控制，在注射吐真剂的情况下仍然意志坚定地未透露任何情报，咬断伊森的手腕后夺下手枪后将其杀死”，因此本堂瑛海取得组织的信任继续潜伏，并得到Boss的赏识，从而进入与琴酒等人所在的行动小组。紧接着，本堂瑛佑被卡梅隆探员带出房间，有点难以置信父亲已死还和姐姐都是CIA。柯南 赤井秀一 水无怜奈制定了一个计划，让水无怜奈回到组织当情报员。（CIA情报总局）
组织开始向医院附近的饭店下毒药，并在电影院设计火灾，让民众都来医院看病，杯户医院这天的人瞬间爆满。组织向杯户医院寄花盆给詹姆斯布莱克，留下楠田陆道的名字，不久赤井秀一发现了花盆里的计时炸弹。FBI探员安德烈卡梅隆开朱蒂的车子来到大桥，把炸弹丢入河里爆炸，之后组织寄来更多的炸弹给医院病房病人，并安装发讯器。FBI发现后搜查出更多炸弹，并开始向水无怜奈房间检查，组织因此得知水无怜奈所在房间。水无怜奈的视频出现在医院的电视里。
FBI准备将水无怜奈转移到别的地方，派出了三辆车。其中一辆卡车由卡梅隆负责处理这些炸弹，并带着水无怜奈，被伏特加追踪上。贝尔摩德也追上了赤井秀一和柯南所在的雪佛兰，并被赤井秀一甩开了贝尔摩德。科恩 基安蒂追第三辆。
琴酒也开着保时捷来和伏特加 贝尔摩德 科恩 基安蒂会和，把车开到卡梅隆车子的前面，这时水无怜奈突然醒来砸晕卡梅隆，下车和琴酒等人见面，成功返回组织。琴酒准备让基安蒂杀了卡梅隆，炸弹却突然引爆。卡梅隆成功逃脱。琴酒上报组织boss，基尔成功被夺回。
FBI进行了会议，赤井秀一坦白水无怜奈CIA卧底的身份，并且已经成功让她回到组织当FBI情报员，水无怜奈也说可以但是要以CIA的利益为先，条件是保护好她弟弟本堂瑛佑。（红黑决战结束，水无怜奈进入组织）
柯南向灰原哀解释本堂瑛佑真的是水无怜奈弟弟，FBI已经对他进行保护策划。不久，侦探团遇上了杀人案，嫌疑人之一居然是搜查官卡梅隆……
水无怜奈辞掉了主播的工作。被组织夺回后，BOSS怕水无怜奈与FBI有什么交结，所以琴酒持枪威胁水无怜奈让她把赤井秀一叫来山道杀死。赤井秀一早知道会变成这样，为了不让水无怜奈被杀，决定隐瞒正帮卡梅隆辩护的朱蒂去赴约，虽被詹姆斯阻止。
赤井秀一来到约定地点，下车后被水无怜奈迎面而来，开了一枪打穿肺部，画面记录到了安装在水无怜奈脖子上的摄像头，传达给琴酒和伏特加。随后，琴酒命令水无怜奈朝赤井秀一头部开枪，水无怜奈按照指令，打爆了赤井秀一针织帽里的血浆，赤井秀一假装倒在了车上。水无怜奈引爆雪佛兰放上楠田陆道的尸体，赤井秀一逃脱，水无怜奈成功获取组织信任。不久，雪佛兰被炸在山道的事上了新闻，詹姆斯告诉朱蒂等人赤井秀一与水无怜奈秘密会和的事情。
朱蒂不相信赤井已死，去警视厅拿赤井秀一和楠田陆道都摸过的柯南手机去和被炸的车子的尸体进行对比，然而赤井秀一摸柯南手机时手上涂着膜所以没有粘上指纹，经对比和楠田陆道指纹一样，所以FBI除了詹姆斯之外都不知道赤井秀一的假殉职计划，从而为赤井秀一的死感到悲伤。贝尔摩德在赤井秀一死后说出银色子弹只需要一颗就够了的话。（赤井秀一假死，水无怜奈获得组织信任）
本堂瑛佑以告白小兰的方法威胁柯南，逼迫他说出了工藤新一的身份，本堂瑛佑准备前往美国加入CIA，并告诉柯南FBI有位人物牺牲了，柯南却微笑着回复了他不要紧，表示设计了这场假死计划。（本堂瑛佑得知身份）
赤井秀一死讯在组织内传开，他的仇人波本就耐不住了，声称只有自己才可以杀了赤井秀一，不相信赤井秀一已死。开始出动，探寻赤井秀一的死亡。
水无怜奈也传来短信给FBI情报，组织精英成员“波本”已经开始行动，拥有超高推理、搜查能力。 （波本篇开始）
赤井秀一假死后被有希子易容成冲矢昴，在自己所在的公寓被烧掉后，被柯南安排住进工藤家，自称大学研究生，暗中保护灰原哀，得知柯南和灰原哀的真实身份。但是，灰原哀却不知情，对冲矢昴很警惕，有种对组织敏感的第六感。（冲矢昴登场）
紧接着，消失的一角岩事件中冲矢昴展示了自己的推理能力。死罗神事件中柯南第三次恢复，并逮捕想要陷害自己，整容成自己的犯人屋田诚人。
波本被贝尔摩德易容成伤疤赤井秀一试探FBI探员，先是在银行抢劫案中试探朱蒂，歹徒被解决后朱蒂准备跟踪伤疤赤井秀一，但是却跟丢了。之后，朱蒂调查当时伤疤赤井头上的帽子出售处，波本也跟着朱蒂出现在那，这次是试探卡梅隆，卡梅隆震惊了。波本看到卡梅隆的反应就得知赤井秀一是真的死了。然而，波本的行动却引起了琴酒的注意，琴酒不知道波本的行动，以为赤井秀一没死，直接开着保时捷带水无怜奈来到商场大楼出口。琴酒安排基安蒂狙击伤疤赤井秀一，并持枪威胁水无怜奈如果看到赤井秀一的亡魂，水无怜奈就不用活了。
波本的行动也被真赤井秀一（冲矢昴）察觉，想到组织要自相残杀也是非常激动，并留下字条给朱蒂“这里很危险快离开”。不久，朱蒂就看到了正离开商场的伤疤赤井秀一，准备过去拦截波本，被冲矢昴故意绊倒。波本以伤疤赤井的样子出了商场的大门后，被基安蒂用狙击枪瞄准，就在等琴酒下达开枪指令时。贝尔摩德出现，向琴酒解释了波本的行动计划，伤疤赤井也对着基安蒂微笑了一下，基安蒂被吓到。琴酒命令组织成员开始撤退。
赤井秀一的妹妹世良真纯是截拳道高手，从小在英国海滩边见过工藤新一小时候，称呼工藤新一为魔法师。赤井秀一和世良真纯的母亲世良玛丽也在英国被组织下药变小，为了逃亡来到日本。赤井假死后，世良真纯和柯南共同破解幽灵饭店案件。之后，世良真纯转入小兰班级，自称私家侦探，在小兰口中得知了很多关于新一和柯南的事情。紧接着，世良真纯认识了侦探团，并对柯南和灰原哀的身份产生怀疑。（世良真纯登场）
世良真纯不断的打听关于工藤新一的事，引起他本人柯南的注意。柯南打电话告诉服部平次，服部平次告诉柯南，世良真纯可能是组织派来调查他的。柯南回答服部平次感觉世良真纯不像是组织的人，并邀请服部平次来到东京。
服部平次来到后，见到了世良真纯，并和FBI一起遇到了杀人案。卡梅隆见到世良真纯，就感觉她与某个人非常相似。（只看眼睛不就是赤井秀一吗……）
小五郎 柯南 小兰等人受邀请来到英国伦敦，柯南吃了药以工藤新一的身份和博士一起来到伦敦。在伦敦他们看网球女王比赛的时候有了事件。网球女王以击球的方式传递暗号，柯南对女王的弟弟自称福尔摩斯的弟子。（第四次恢复身体）
最后他们破解了案件，新一在伦敦的事情还被小兰发现了，柯南为隐瞒身份吃了仅剩一颗的APTX4869解药变回新一，并且在大本钟下向小兰表白。
之后，柯南在想自己怎么回日本，有希子出现，并且带来了灰原哀交给她的ATPX4869解药，柯南恢复身体重返日本。（伦敦篇，向小兰表白）
怪盗基德暗示柯南找出了想要独吞龙马宝物的犯人，被逮捕。柯南也找到了易容成胖子的怪盗基德，怪盗基德因为保护龙马宝物被柯南放走，同时柯南向基德提示自己母亲曾经演过乙女。
波本以寻找雪莉为目的，接近毛利小五郎试探他与雪莉有没有关系，化名安室透。安室透自称私家侦探拜小五郎为师，在侦探所隔壁的咖啡厅打工，并不断帮助小兰等人获取信任。波本真实身份是……（安室透登场）
这天，柯南被犯人绑架，世良真纯和冲矢昴以及安室透找到了柯南被绑架的车子，安室透和冲矢昴在车内对视，冲矢昴认出安室透是波本。安室透用车子拦住歹徒车子撞上，随后世良使用摩托车将犯人击倒报警逮捕。冲矢昴 安室透 世良真纯互相见面，贝尔摩德看到后联络波本，询问他是否获得了柯南等人的信任，这时冲矢昴 安室透 世良真纯都在打电话，说明他们其中一人就是波本。这起案件后，小五郎对安室透信任大幅提高，将电脑密码告诉了安室透。（波本获得信任）
第八个月，铃木园子邀请小兰 博士和侦探团等人去搭乘下星期的铃木号特快列车，并将搭乘资格的戒指交给他们。这星期，少年侦探团戴着戒指来露营，却在深山遇到埋尸案，元太 光彦 步美 灰原哀被犯人追杀躲进木屋，犯人锁上木屋大门放火烧掉。最后，灰原哀无奈之下吃下让身体暂时恢复的药变大，用斧头劈开门救了侦探团。案件解决后警察逮捕犯人，宫野志保救人视频被光彦拍下来发到毛利小五郎的电脑上。（灰原哀恢复身体）
波本搜查出来光彦拍的视频，视频中雪莉戴着铃木号特快列车的戒指，得知雪莉要搭乘铃木号特快列车，就在这时小五郎电脑被住在工藤家的冲矢昴黑掉，冲矢昴看到波本看到的画面就知道组织想要杀灰原哀。
波本上报组织后和贝尔摩德一起去追杀雪莉。侦探团 小兰 小五郎 博士 世良 园子搭乘了特快列车，贝尔摩德 有希子 安室透 赤井秀一为了杀雪莉、保护雪莉以及怪盗基德和助手为了盗取列车上展览的宝石搭乘了神秘列车，琴酒和伏特加在终点站等待准备炸掉列车，列车上却遇上了杀人案。安室透出场解释自己也是来搭乘神秘列车，并和小五郎一起破案，安室透的出现被一个房间里的冲矢昴看到，并告诉有希子组织已经开始行动。有希子发短信告诉柯南，组织的人已经在列车上了。（神秘列车追杀雪莉行动）
灰原哀在列车行驶过程中感受到组织的气息，得知组织已经开始行动抓自己，随后接收到贝尔摩德发给她的邮件，让雪莉做好觉悟。灰原哀回忆起母亲宫野爱莲娜在磁带里对自己说的话，爱莲娜说为了研究“银色子弹”药物而不得离开她。灰原哀为了不连累其他人，准备去没人的地方吃药变大，之后灰原哀被冲矢昴发现保护起来。
贝尔摩德为了查赤井秀一的死亡，易容成伤疤赤井秀一去见世良真纯，在走廊与有希子擦肩而过，有希子对贝尔摩德说如果我们更早一步成功请放弃对灰原哀的追杀。随后，世良真纯被贝尔摩德试探赤井秀一死亡并电晕，不久世良真纯被冲矢昴（赤井秀一）保护起来。
有希子出现在一个车厢与贝尔摩德（莎郎）碰面，告诉贝尔摩德，世良真纯已经被她们保护起来。贝尔摩德说：没想到你这个当妈妈的都来了。
有希子说出贝尔摩德居然是个故意化老妆成大明星莎郎温雅德的人，还曾以莎郎的身份与CG制作人板仓卓曾经吵过架，并暗中威胁过板仓卓开发软体。新一得知后大吃一惊。还有，贝尔摩德没有上报组织灰原哀 新一的事情肯定有原因，并和让板仓卓开发的软体脱不了关系。这时，有希子被贝尔摩德持枪威胁。
柯南利用小五郎破解了案子真相，神秘列车上的乘客都怕火，贝尔摩德放起烟雾让波本大喊失火，乘客们纷纷避难前往前车厢。柯南打电话给有希子，有希子被贝尔摩德捂上嘴巴，变声通知柯南去前车厢，然而柯南知道她是贝尔摩德假装的有希子，并且早就识破了准备盗特快列车上展览的宝石的怪盗基德和手下，柯南要求基德假扮宫野志保去往后车厢。
基德假扮宫野志保来到后车厢，被安室透持枪威胁，安室透坦白身份组织代号波本，并询问雪莉对这个代号有没有印象。灰原哀用基德口罩里的扩音器回答波本，波本与姐姐男朋友诸星大是对立关系。波本说出早就猜出诸星大是FBI的走狗 ，之前易容伤疤赤井秀一试探FBI探员，并和雪莉母亲宫野爱莲娜和姐姐宫野明美曾经认识，爱莲娜在组织被称作“坠入地狱的天使” 。
安室透把雪莉逼到后车厢里，然而这里早被贝尔摩德安装炸弹，要取雪莉性命。安室透准备带雪莉去组织，基德假扮的雪莉却主动进入车厢内。
这时赤井秀一出现，向后车厢投手榴弹炸掉，基德乘滑翔翼逃脱并和柯南通话，波本也再次怀疑赤井秀一死亡。贝尔摩德以为雪莉已经被炸死，但是下车后看到了灰原哀，才知道雪莉没有死他们还有特别嘉宾。贝尔摩德看有希子的情面上报组织雪莉已死。特快列车被炸的事情上了新闻。（神秘列车追杀雪莉行动失败，上告组织雪莉已死）
波本身份暴露后，依旧留在侦探所隔壁咖啡厅打工，协助柯南解决案件。这天，朱蒂和柯南在赏樱花时见面，柯南汇报朱蒂之前的伤疤赤井先生是组织成员波本假扮，为了测试赤井先生是不是真死，而且波本已经开始接近小五郎在隔壁咖啡厅打工化名安室透，贝尔摩德也在铃木号神秘列车上易容伤疤赤井先生，朱蒂得知神秘列车被炸那件新闻也是组织做的。
此时他们遇上了杀人案，波本和贝尔摩德易容成嫌疑人，并在朱蒂身上安装窃听器。最后，案件破解，贝尔摩德趁机取下安装的窃听器，好在柯南没有透露赤井秀一假死的事。（波本篇结束）
第九个月，园子的男朋友京极真回到国内，和园子约会时以为世良真纯是色狼，京极真先是对决了世良真纯完了被园子化解误会。世良真纯提到他哥要比她强大很多倍，也向柯南说出她还有另外一位哥哥，但没有告诉柯南她二哥就是著名将棋手羽田秀吉。
不久，怪盗基德再次发预告函要盗取铃木家展览的宝物，铃木园子得知此消息透露出自己喜欢怪盗基德，京极真吃醋。京极真来到铃木次吉郎的住宅，打倒一群保镖后表示自己要参加逮捕基德行动，被同意。怪盗基德盗取宝物那一天，怪盗基德易容成铃木园子，被京极真识破。京极真和怪盗基德第一次对决，但还是让怪盗基德逃跑。（京极真VS怪盗基德）
这天，世良真纯受到委托邀小兰 柯南 园子来深山泡森林浴准备前往别墅旅馆，委托世良的人是世良二哥高中时的朋友，本来是想委托世良二哥但是他临时有事没法来到，所以才会拜托妹妹女子高中生侦探来替他调查。小兰询问世良他哥不是去世了吗，世良回答去世的那个是大哥她还有个二哥，他们是三兄妹不过姓氏都不一样，是因为父亲的死。世良是随母亲的姓氏世良，自己二哥在高中毕业前也是姓世良，不过就在柯南询问为什么改姓时，园子说森林里出现了红色的人影。小兰说到是一个穿着红色衣服的女人，柯南这时不小心差点掉入身后的沼泽前，被世良真纯拉上来。来到别墅旅馆，众人知道这个别墅在十五年前发生过一件被称为红衣女的杀人事件。委托世良的那些人说到他们是要请世良解开可能与十五年前红衣女有关的奇怪现象谜团，就在这时一个人死在了浴缸中。
长野县的上原由衣警官 大和敢助警官 诸伏高明警官来到现场调查案件，最后他们解开案件。之后，柯南帮助世良真纯找到了丢失的手机，看到了世良真纯变小的母亲玛丽和世良真纯的合拍。柯南推理出世良真纯是故意让他看见，世良真纯汇报给二哥秀吉这次案件。（领妹登场）
这天，世良 园子 小兰和柯南去世良居住的酒店去玩，途中世良真纯说到她家最年长的哥哥小时候经常会寄给她截拳道的录影带。世良真纯国中时全家都搬去美国，经常和妈妈一起看足球比赛所以看得出来柯南的足球水准非常高。
世良真纯后来回到日本打算去二哥那里居住，但是被拒绝了。能住在这么豪华的酒店是因为她爸爸有个非常有钱特别照顾世良的朋友，除了这些人外世良真纯没有别的亲戚可以依靠了。柯南听到后开始怀疑红衣女事件中看到的世良真纯手机上的照片，玛丽的身份。来到酒店后，柯南开始安装窃听器。这时，楼下发生了一起凶杀案，目暮警官来到现场调查案件。最后，他们还是破解了案件找到犯人。
小兰 园子 柯南离开酒店时，窃听器被世良真纯和玛丽发现并拆除。世良询问玛丽现在是否可以相信柯南了吗，玛丽回答现在还不到相信的程度，如果柯南来问她的事情就说是领域外的妹妹。之后，柯南发短信询问世良真纯那个女孩是谁，世良真纯回答柯南她是领域外的妹妹。世良母女搬去了别的地方居住。
柯南把世良真纯家里藏有女孩的事情告诉灰原哀，并且说到自己似乎以前见过世良真纯，并对她的虎牙有印象。这时，柯南被毒贩撞倒，遇上案件，捡到日记，被柯南解开一半的暗号侦探团一起去调查，打电话询问服部平次，传给服部平次暗号图片，才找到了线索。最后，那个人其实是个毒搜。
这天，柯南回忆起变小前的案件，和小兰一起去水族馆游玩时遇上了案件。最后，新一破解了案件，离开现场后天空下起了雨，小兰戴上帽子后手机却掉入下水道，因为新一为了调查案子放进去的，打算赔给小兰一台新手机，并邀请小兰下次去热带乐园玩。小兰同意并告诉新一，要等她拿下空手道冠军。
之后，小兰成功拿下空手道冠军，和新一在热带乐园游玩遇上云霄飞车杀人案，破解案件后新一跟踪伏特加，发现了他与某公司董事长的交易，被琴酒从背后来到打晕灌下了APTX4869，从此身体就变小了。
这天，波本开始向高木警官调查组织死亡后不知去向的楠田陆道被柯南察觉，这天晚上朱蒂的小学老师朋友被人推下楼梯杀害，波本 贝尔摩德为了调查赤井秀一死亡真相也在这里等待她，目睹了案件。波本报了警，警察把她通话记录里的卡梅隆叫来，卡梅隆又叫来了朱蒂。（朱蒂使用卡梅隆手机进行的通话）
警察把其他小学老师叫来调查案子，波本也来到现场，和FBI一起查这起案子。柯南之前察觉波本对零这个字敏感，并且对波本对FBI说的快点离开我的日本这句话在意，开始怀疑波本是……。（绯红篇开始）
案子破解后，FBI两人探望被人陷害的朋友，卡梅隆在医院外等候，波本向他询问楠田陆道的事情，卡梅隆没有说出口，但是却被贝尔摩德假扮的朱蒂套出来话，知道楠田陆道是开手枪自杀，波本想起来赤井秀一的尸体上脑子正好有个洞，知道赤井秀一绝对是假死用楠田陆道的尸体演戏。之后，真的朱蒂和柯南来到，得知了楠田陆道自杀的事情已经暴露。
朱蒂和卡梅隆两人开车在来叶山路，赤井秀一躲进后车厢，随后遭到一群人追捕，以为是组织的人拼命逃亡。不久，朱蒂推理出赤井秀一还有没死的可能性，口头禅与冲矢昴的相似，卡梅隆心中懊悔又毁坏了赤井秀一的计划一次。另一方面，工藤优作已经回国扮演冲矢昴，柯南坐在监控室里等待波本的到来。
波本突袭工藤宅，说出了赤井秀一假死过程和伪装冲矢昴身份推理，准备揭下来工藤优作的面具。这时，赤井秀一出现在朱蒂车上的后车厢，用手枪帮助朱蒂 卡梅隆甩开追踪他们的人，朱蒂 卡梅隆泪流满面知道了赤井秀一还活着。追踪的人通知波本，波本才知道面前的冲矢昴并不是赤井秀一。
这时，赤井秀一把车开到这些人面前，用楠田陆道的手枪交换和波本通话的手机对话，赤井秀一揭露了波本的真实身份：日本公安警察潜入组织卧底的降谷零，代号零。
降谷零震惊了，自己无意透露给柯南，自己代号是零，居然能让赤井秀一查到自己身份。赤井秀一说出降谷零是想把自己交给组织，然后获取信任进入组织内部，从而得知更多情报。并说出了关于那个人的死，他也很惭愧。赤井秀一要求降谷零调查楠田陆道的手枪，FBI只是做客让在日本的他们更适合调查。降谷零知道身份暴露命令公安警察开始撤退，没有上报组织赤井秀一的假死。
朱蒂 卡梅隆也都知道赤井秀一就是冲矢昴，被有希子易容而成。赤井秀一说到自己和波本有些恩怨，水无怜奈再次发来短信给他，组织比琴酒地位还要高的二号人物朗姆已经开始行动。降谷零也透露出贝尔摩德与组织boss有着某种关系。（绯红篇结束）
赤井秀一的弟弟，世良真纯的哥哥，羽田秀吉，是著名的将棋手。一次因自己曾经的手下败将的报复而放弃比赛，前往拯救被绑架的警察女朋友宫本由美，途中偶遇侦探团，柯南知道今天是他比赛的日子羽田秀吉肯定遇上了事情，最后他们根据犯人提供的暗号找到了犯人报警抓捕，拯救了宫本由美。之后，羽田秀吉恢复比赛，世良玛丽和冲矢昴都在电视前关注。（羽田秀吉登场）
楠田陆道的手枪是格洛克19，这把手枪在日本只有警视厅才有机会获得，然而楠田陆道拥有说明警视厅中存在黑衣组织的间谍。降谷零让自己的上级黑田兵卫去调查这把枪，去了警视厅获得枪械的来源地长野县。这天，柯南 小五郎等人来到这里，和上原由衣 大和敢助 诸伏高明等人见面，其中黑田兵卫的一只义眼更是引起柯南恐惧，黑田兵卫称呼柯南为小五郎的智囊开始注意他。
然而，这几天却发生了命案被杀的都是警察，最后还是破解了案件。之后，黑田兵卫发现，这里的贩卖枪械团体与黑衣组织没有关系，便又调到了东京。降谷零调查这件事的事情被琴酒察觉，贝尔摩德通话告诉他，琴酒已经盯上了降谷零（安室透）。（黑田兵卫登场）
小兰 园子 世良真纯在咖啡厅吃饭，这来了一支吉他乐队，安室透用他们的吉他弹了一曲。世良真纯突然提到，自己国中时见自己大哥，自己大哥的朋友教给了她弹吉他，然后有个和安室透很像的人称呼他苏格兰，并询问安室透那个人是不是他。
安室透随口回答不是，但内心想到她哥就是杀害苏格兰的凶手。世良真纯说出自己哥哥是美国FBI，柯南询问她名字，世良真纯说出了赤井秀一，柯南知晓她就是赤井秀一的妹妹。（苏格兰）
这天，宫本由美寻找丢失的羽田秀吉的结婚申请表，上面写着羽田秀吉父母的名字，赤井务武和世良玛丽（赤井秀一和世良真纯父母真名）。羽田秀吉在一次比赛失败后，与宫本由美的通话中提到自己已经死亡的义弟羽田浩司。
灰原哀听到这个名字想起了组织死亡名单，有羽田浩司的名字。灰原哀告诉柯南这件事。柯南得知羽田秀吉的义弟也就是十七年前死亡的四冠王将棋手羽田浩司也是死于黑衣组织。（朗姆篇开始）
柯南在网上调查羽田浩司案，羽田浩司是在17年前参加国际象棋比赛时，死在美国的一家酒店的房间，死前羽田浩司手里握有一把剪刀，而住在同一家酒店的另一个房间资本家阿曼达休斯也同时死去，她的女保镖浅香也下落不明，疑似杀死羽田浩司的凶手。羽田浩司在临死之前利用玻璃的机械化学效应，在水中剪了一面商家宣传的印有“PUT ON MASCARA（涂睫毛膏吧）”的小镜子，只留下了PTON四个字母。同时，羽田浩司房间内存有明显的打斗痕迹，浅香很可能是组织的人。这时，灰原哀提到APTX4869这种药是由她父母亲自研发，自己只是通过烧毁剩下的资料来继续开发。（羽田浩司案）
这时，他们遇到了杀人案，死者在死前握着博士发明的剪刀，所以警察才会把博士叫去现场。他们准备前往时，冲矢昴突然出现，和柯南 博士一起前往，让灰原哀留在家中，安排卡梅隆暗中保护。这起案子和十七年前羽田浩司案极其相似，死前握着一把剪刀且也在现场留下了玻璃化学反应暗号。冲矢昴告诉柯南，羽田浩司案是迫使他加入FBI的重要案子，主要是他的父亲（赤井务悟）曾经参加过这个案子，冲矢昴也已经得知柯南的身份是工藤新一。
最后柯南和赤井秀一解开暗号，找到凶手逮捕。同样也解开了羽田浩司死后的暗号，给柯南和赤井秀一提供了一条重要线索——“ASACA RUM”，阿曼达的保镖浅香和组织二号人物朗姆。柯南得知组织二号人物就是杀羽田浩司的嫌疑人，失踪的保镖浅香可能就是朗姆，而资产家阿曼达似乎与FBI CIA都能联系，去会面将棋手羽田浩司的原因还未知。灰原哀告诉柯南，朗姆的传言，有一只眼睛是义眼。
羽田家族似乎很有钱，世良真纯的住所就是由羽田浩司父亲提供，他父亲羽田康晴曾委托FBI赤井务武调查羽田浩司案，不久赤井务武声称遇到了很强大的对手后失踪要求子女疏散日本。赤井务武长子赤井秀一前往美国留学，后加入了FBI。妻子世良玛丽真实身份是MI6，英国军情六处，不久前玛丽也在英国伦敦被组织袭击灌下药物，逃亡来到日本和世良真纯住在一起，但这件事赤井秀一和羽田秀吉还没得知，玛丽和世良真纯都以为赤井秀一已死，只有羽田秀吉知道大哥赤井秀一还活着。
这天，柯南放学回到侦探所的时候，听到了毛利小五郎的通话，电视台的灵魂侦探倔田说要解开十七年前羽田浩司案，要召唤出羽田浩司的灵魂，毛利小五郎答应前往电视台，柯南也为了调查和小五郎一起前往。在电视台人员的带领下来到倔田的公寓，发现倔田已经死在了家里，警察来到现场调查。
倔田家隔壁刚好就是新搬来这里住的世良真纯，世良真纯和柯南 小五郎一起查案子。（世良真纯和玛丽也是为了向倔田调查羽田浩司案，所以才搬来他家隔壁）
破案过程中，柯南无意拍下了躲在阳台下的玛丽，并不小心遗漏变声器。最后，柯南发现了真相把小五郎麻醉后发现变声器失踪，就在这时世良玛丽使用变声器伪装小五郎声音解开了案件，柯南想过去看怎么回事被世良拦下。最后，犯人逃往隔壁房间遇上了玛丽，身体变小的玛丽依然打倒了犯人，当柯南赶到时犯人已经倒下。柯南猜测打倒犯人的是领域外的妹妹，拍下来的那个人就是领妹，这时世良真纯赶到听到了世良真纯喊她妈妈。警察来到，这起案件凶手被逮捕。倔田侦探虽然已死，但是世良真纯得知了倔田对羽田浩司案调查的线索：失踪的保镖浅香拿着一面小镜子，浅香是个女人，是一个女人杀了羽田浩司。之后，玛丽和世良真纯再次搬离住处。柯南也得知世良真纯母亲也和他一样吃下药物变小，怀疑世良玛丽是浅香。
保时捷里的琴酒和伏特加，伏特加告诉琴酒调查羽田浩司案的倔田已经死了，琴酒回答十七年前朗姆犯下的失误与他无关，琴酒更在意毛利小五郎。毛利小五郎这次也参与了调查羽田浩司案，琴酒再次怀疑起他。（毛利小五郎被怀疑）
这天小兰和园子在工藤家做清洁，冲矢昴询问她们世良为什么没有来到，园子回答世良要再次搬往新酒店。接着，冲矢昴询问园子和小兰有没有看到世良家有怪人出现，能一招制服别人，那人名字叫做浅香。浅香的英文名ASAKA正好就是一位音乐人波土禄道的曲名，这首歌正好就是在十七年前，曾把曲名ASAKA改成ASACA，这次的演唱会也正好要演唱这首歌。冲矢昴（赤井秀一）柯南 小兰 园子一起去看演唱会，安室透和贝尔摩德也有来调查，贝尔摩德易容成小锌。结果这个艺人波土禄道被杀，最后他们破解了案件，警察做笔录时小锌询问柯南小锌姓什么，柯南得知她是贝尔摩德。随后，小兰来到询问小锌她是不是冒牌货，因为刚才听到了小锌称呼小兰为angel，上次柯南和灰原哀被绑架时那个歹徒也是称呼她为angel。贝尔摩德回答小兰，让她不要参与到组织这边。除此之外，波本回忆起了两年前苏格兰被赤井秀一杀死的事情……（继续对羽田浩司案调查）
第十个月，朗姆派出库拉索前往日本公安内部搜查卧底资料，被发现后开车逃亡，降谷零和赤井秀一紧追随后。库拉索被降谷零追上，在车内发短信给朗姆，NOC是司陶特 阿夸维特 威士莲 以及波本 基尔。
库拉索在大桥上倒飙车引起很大恐慌，赤井秀一在前方准备好狙击枪瞄准。库拉索看到了瞄准自己的赤井秀一，被吓到黑麦威士忌居然还活着。这时，库拉索想起杀死黑麦的基尔也是卧底，就明白基尔没有杀了黑麦。库拉索踩上油门，准备压死赤井秀一，却被赤井秀一狙击轮胎库拉索掉入河底，失忆流落东都水族馆。降谷零的车子追来，下车后告诉赤井秀一，那是日本公安要的人，让赤井秀一叫FBI别插手。
这天，少年侦探团偶遇库拉索，柯南 灰原哀看到库拉索的眼睛怀疑她是朗姆，便取走了她的手机。同时，司陶特 阿夸维特 威士莲已经分别被组织在欧洲暗杀，基尔（水无怜奈）和波本（降谷零）被绑在仓库，被琴酒威胁准备枪杀。水无怜奈得知波本也是卧底，但却被琴酒一枪打伤胳膊威胁。
这时，赤井秀一出现打掉了仓库吊灯，波本躲了起来，赤井秀一逃脱。柯南以库拉索的身份发给朗姆短信，波本和基尔不是卧底，所以基尔也免于一死。之后，赤井秀一通话告诉FBI，水无怜奈和波本得救。
公安警察风见俗也带走库拉索，把她带到东都水族馆摩天轮上，恢复记忆，库拉索打倒风见后通知贝尔摩德恢复记忆，等待组织的人来接她。摩天轮内的降谷零和赤井秀一，打了一架后被柯南说散，一起去拆了安装在摩天轮内的炸弹，降谷零提到了自己在警校时有个专业拆弹的朋友（松田阵平），不幸去世了。
黑衣组织把整个游乐场弄停电，琴酒带领伏特加 基安蒂 科恩在夜晚开直升机来接库拉索，可是库拉索却拒绝回组织，摩天轮惨遭组织直升机扫射。
库拉索遇到灰原哀，知道她就是雪莉，然后救了雪莉。最后，赤井秀一 降谷零 柯南联手打落琴酒的直升机，并用足球腰带里的最大足球来停住滚动的摩天轮，然而足球被摩天轮压扁，库拉索驾驶挖掘机被摩天轮压死拯救了水族馆。（第二次和组织正面交手）
世良真纯提醒柯南，柯南推理出世良以前去的国家不是美国而是英国。提起英国，柯南就想起来十年前在海边与赤井一家见过面，除了赤井务悟外。十年前，赤井秀一和世良玛丽在英国海边度假，玛丽带着羽田秀吉和幼年世良真纯，赤井秀一因和玛丽打架而眼睛受伤。有希子也带着幼年新一和小兰来到，赤井秀一告诉玛丽，自己准备加入FBI联邦调查局，然后替父亲报仇，杀了组织的人。这时，柯南出现在赤井秀一面前，把赤井秀一当成马戏团的小丑，因为眼睛上的伤，赤井秀一哈哈大笑解释自己是与母亲打架才会受伤。世良真纯这是第一次见到自己大哥，想逗赤井秀一笑，但是赤井秀一怎么样都不笑。柯南逗笑了赤井秀一后，世良真纯就称呼他为魔法师。不久，这片海滩发生案件……
柯南在回忆中得知羽田秀吉就是世良真纯二哥，世良母亲就是领妹被称为玛丽。（涟漪的魔法师）
这天，服部平次来到侦探所，和柯南在隔壁咖啡厅吃饭。在他们旁边来了个戴着耳机的男人，自称和田进一。和田进一告诉柯南和服部平次 安室透，今天是十三号星期五，以及历史上今天发生的事。不久，咖啡厅发生案件一名客人被人砍伤，警察来到将被害人送往医院。安室透和柯南 服部平次破案过程中，和田进一似乎在拿手机拍服部平次，很诡异。案件破解后，高木警官准备找和田进一做笔录，却神秘消失了。小兰和远山和叶来到寻找服部平次，得知发生案件，那名被害人没有死亡，已经包扎完成。
小兰推理出来并告诉高木，和田进一这个名字可能是假名，来源于福尔摩斯。柯南心里也想到，没错，这个自称和田进一的人背后很可能有个相当于福尔摩斯的人物。这时，和田进一来到机场和他背后的人物通话，是个女人。那个女人穿着和服，自称是服部平次未来的伴侣，她就是大冈家族的大小姐，大冈红叶。而和田进一就是她的管家，伊织无我。伊织无我上报大冈红叶，远山和叶出现在服部平次身边的事情，成为远山和叶情敌。（大冈家似乎与铃木次吉郎关系不好）
帝丹小学的新老师若狭留美，要求少年侦探团带她去地下室拿东西，然而却发现了死了好几年的残骨。几人报了警收尸，晚上和白鸟警官一起等待犯人。
犯人来到打晕了白鸟警官，当犯人要求少年侦探团和若狭老师一起进入旧仓库的地下室时，若狭先故作配合，再趁机滑到，并将犯人中的一人用右胳膊肘击晕，趁其余两个犯人查看他们晕倒的同伙时，拿起平沙耙，神色诡异地对剩余两人说：“你们做好心理准备了吗？做好准备和这个世界告别了吗？”
当柯南等人从地下室出来后发现，若狭老师挥着平沙耙，三个犯人均被击晕。（若狭留美登场）
胁田兼则是一个有义眼的厨师，来到毛利侦探所附近当寿司店厨师，一次案件与毛利小五郎认识，疑似是组织二把手朗姆，拜毛利小五郎为师，安室透的师弟。（胁田兼则登场）
这天，若狭留美偷听邻居吵架，某人要杀自己女朋友。若狭留美就提前买了几人份杯子，在学校时故意打翻颜料弄坏画，让侦探团来自己家重新画，不幸购买杯子的数据单被柯南发现，得知自己被若狭留美试探。
之后，真的发生杀人案，凶手暴露时准备杀侦探团，被若狭留美绊倒，并用胳膊打上太阳穴。之后，若狭留美上了新闻，引起黑田兵卫和胁田兼则的注意。窗外的黑乌鸦飞过，胁田兼则还自言自语道：“这家伙还真是机智！”，表示若狭留美和胁田兼则认识。
一天，办公室里正在用电脑调查羽田浩司案的黑田兵卫，看到了逃亡失踪的浅香的时候，想起来了若狭留美，这时白鸟警官（白鸟与小林老师是恋爱关系）进来给了他野外露营的邀请。
黑田兵卫，若狭留美，侦探团去了野外露营，发生帐篷火灾，黑田兵卫见死不救，火灾过后出来报了警。见到黑田兵卫时，若狭留美用诡异的眼光看向黑田兵卫。
最后，找出犯人时，犯人抓住了步美持刀威胁，然后若狭留美上前说的，来啊有本事你就捅下去，要不要我帮你，凶手被吓到，黑田兵卫和弓长警察趁机拿下犯人。
柯南也发现若狭留美的口袋里携带着某样东西（将棋）。
零的执行人，揭露黑田兵卫是降谷零的上级，所以黑田属于红方，降谷零带着柯南飙车，说出自己的恋人是这个国家的话，最后侦探团用无人机拯救了警视厅。唐红的恋歌，服部平次和大冈红叶的故事揭露，服部平次在幼年时向大冈红叶承诺长大要娶大冈红叶。这件事只有柯南知道，没有告诉服部平次，因为服部平次已经有远山和叶了。还有绀青之拳，柯南被怪盗基德带到新加坡，和京极真第二次对决……
第十个月半，服部平次参加剑道大会，对手是泉心高中的冲田总司，是大冈红叶的同班同学，大冈红叶也来到赛场看服部平次。比赛前，他们居然在练习场遇上了杀人案，目击者是一名失明的老人。服部平次和柯南 冲田总司破解案件后，比赛已经结束，大冈红叶也已经离开了现场。
帝丹高中在京都开展了修学旅行。柯南凭借降谷零公安的力量帮助灰原哀找到丢失的比护选手的手机挂件，所以成功要来让身体暂时恢复的药变大，来参加修学旅行。修学期间让服部平次偷偷跟来协助工藤新一，药效时而会断需要再次服药，但是不能经常服用APTX4869解药，否则将会出现副作用。
修学期间他们遇见了有希子的朋友景子，是新电影的演员，景子见到新一立马认出他是有希子儿子，约工藤新一前往她的酒店房间去破解暗号。不久，世良真纯过来询问工藤新一他们是不是在哪见过，工藤新一回答她们十年前在海边见过，紧接着世良真纯又问到真的有十年前吗？这时，世良真纯被小兰和园子叫到清水舞台去了。中道过来告诉工藤新一，全班人都已经知道了工藤新一在伦敦大本钟下对小兰的表白，由园子宣传的。
这次修学旅行相当不错，然而在清水寺的时候遇到了杀人案，是和天狗有关，景子出演电影的编剧死在了酒店。绫小路警官来到调查案件。破案过程中，工藤新一药效到期，由服部平次在房间内假装他，并告诉服部平次这起案件的暗号。之后，工藤新一再次服药恢复，继续调查案件，和世良真纯 小兰在餐厅讨论案件和新电影天狗的故事。不久，服部平次通话告诉新一，媒体已经堵在了酒店门口，因为死去的那个人是个名人。之后，他们遇到了大冈红叶和伊织无我以及冲田总司，冲田总司与工藤新一长相十分相似。这时，大街上出现了大批人戴着天狗面具制造混乱，被平息。工藤新一和在美国的有希子通话，得知景子的真名叫京子，把景子当做了艺名。最后，工藤新一和服部平次 世良真纯破解案件，杀人原因就是没有增添出栗未知男的名字，但是其他几个演员改了名字，所以让名单分开看就筹齐增添了这个名字……
小兰给了工藤新一在伦敦表白的回应，吻了工藤新一的脸，两人开始正式交往。紧接着，工藤新一打算亲上小兰的嘴时，药效到期，向服部平次那紧急前往。世良真纯发现新一消失后，为了调查工藤新一是不是柯南，询问路人工藤新一去向，最后工藤新一变成柯南躲进服部平次背包逃过一劫，向众人宣布有重要事情先退出修学旅行。
清水寺事件隐瞒了工藤新一的出现，在网上被说是服部平次和世良真纯破解案件，然而还有一个人暴露了工藤新一当时也在场。这个消息引起了民众大轰动，长久没有出现，疑似死亡的工藤新一居然出现在清水寺。这个消息让黑田兵卫 胁田兼则都开始注意，身上带有伤疤的若狭留美看到组织死亡人员名单上的名字也开始对工藤新一调查。（柯南暴露）
记者们来到工藤新一家门口采访，赤井秀一（冲矢昴）回应自己并没有见过这个家的主人只是借住。这时，灰原哀通话焦急的告诉柯南，他已经上了热搜了，柯南和阿笠博士都慌了，害怕被组织的人盯上。另一方面，服部平次接受采访时帮助工藤新一说那个人其实是大冈红叶班级的同学冲田总司，记者们纷纷退去。帝丹高中的学生也没有向外界透露更多信息。
看到这个消息的工藤优作 有希子也是回国来帮柯南解决，找到了那个在网上发工藤新一出现在清水寺消息的人，这个人其实是个工藤家族的粉丝，工藤优作用签名收买了她，让她在网上再次发评论只是看错了，这才让工藤家的风波退去了。工藤优作和赤井秀一讨论了羽田浩司死后的暗号，认为不应该组成ASACA RUM，而是CARASUMA，乌丸（姓氏）。
工藤优作和有希子将这个消息告诉了柯南，柯南想起宫野明美死前曾说过的话，组织成员的衣服都如乌鸦般漆黑，以及乌丸莲耶的别墅黄昏之馆内的家具也都印着乌鸦的标志，贝尔摩德发给boss的邮件按键声七个孩子歌词也是乌鸦。推理出来几十年前死去的大富豪，喜欢收集艺术品和热爱乌鸦的乌丸莲耶，也是全日本非常强大的势力，远超铃木财团和大冈集团，很可能就是黑衣组织的BOSS。乌丸莲耶和羽田浩司的死也有关系，疑似组织大BOSS。
头号杀手：琴酒，二号杀手：伏特加， 冷血女杀手、美国电影女明星贝尔摩德（克莉丝温雅德），基安蒂 、科恩、水无怜奈（CIA卧底）、龙舌兰，还有已被除掉的汽车公司老板枡山宪三，和组织未登场的各种大佬，全都是乌丸莲耶的手下。就连四十年前，黄昏之馆内发生的那场命案也都是黑衣组织干的，黑衣组织很可能是乌丸集团资助的。甚至，乌丸莲耶有可能到现在还活着，研究变小药物就是为了返老还童，开发软体也可能是为了在程序中继续存活。
面临如此强大的敌人，有希子和优作留在日本帮助柯南。（BOSS身份大揭晓）
若狭留美询问灰原哀，工藤新一的事情，被小林老师打断，随后交代寻找玛利亚的任务。寿司店义眼厨师，胁田兼则，则是直接去博士家送外卖时询问。
不久，同样身处米花町的降谷零就收到了朗姆的短信，“给我工藤新一的相关情况，时间就是金钱，速度快 波本”，降谷零回复“好的”。（朗姆盯上工藤新一）
降谷零来到毛利侦探所，和小五郎等人一起前往黑兔亭去见委托人，临走前降谷零声称遗漏手机，从而窃取小兰的工藤宅钥匙。来到黑兔亭，他们和以往一样发生了杀人案，最后他们找出了犯人。过程当中降谷零听到受伤这个词，回忆起自己童年时打架受伤时被宫野明美带去爱莲娜那包扎伤口的故事。降谷零是混血儿因为发色不同被嘲笑所以经常打架。来到诊所后，听到宫野夫妇提到了赞助他们的是乌丸集团，并且已经怀上灰原哀3个月，一家四口准备前往乌丸集团研发神秘药物。（爱莲娜有个姐姐疑似世良玛丽）
后来，宫野家在小镇中搬走后降谷零加入警校和松田阵平 伊达航 萩原研二 诸伏景光 认识，并和诸伏景光一起前往黑衣组织当卧底，代号苏格兰。再后来，苏格兰的警察卧底身份暴露，在赤井秀一面前开枪自杀打穿手机（内含降谷零的卧底资料），降谷零也正好赶到以为是赤井秀一杀了苏格兰，从此赤井秀一和降谷零结下怨恨。得知了赤井秀一是FBI后，降谷零更加痛恨赤井秀一。
不久，伊达航 萩原研二 松田阵平 也相继因事故去世。（降谷零的过去）
降谷零再次接到朗姆调查工藤新一的信息。这天晚上，降谷零来到工藤宅盗取工藤新一资料，不幸被赤井秀一用枪逮到，降谷零也持枪对着赤井秀一，才彻底明白冲矢昴就是赤井秀一。波本：你大意了，赤井秀一。赤井秀一：这句话我要把它原封不动的再还给你，波本。赤井秀一告诉降谷零，降谷零会潜入这里，接到朗姆调查工藤新一的信息，他全预料到了。两人准备扣下扳机，这时房间灯光亮起工藤优作和有希子出现，暗示降谷零上次的冲矢昴是工藤优作假扮，知道降谷零是日本公安，带领降谷零进行了红茶谈话…（后续更新）
所以，时间应该过去了十一个月左右江户川柯南（工藤新一）：真相永远只有一个！
毛利兰：等待的时间越长久，重逢的时候就越幸福。
铃木园子：就算你一辈子都无法恢复记忆 ，我也永远是你的朋友。
毛利小五郎：认真努力的人总有一天上天会眷顾的，但是什么时候眷顾，谁也不知道，这也是人生的惊险之处。
服部平次：正因为生命有限，所以才显得更重要，正因为生命有限，所以才更应该努力不懈。
黑羽快斗：或许，魔术的确是骗人的，但是，看魔术的人，喜欢被人骗。
赤井秀一：畏惧死亡比死亡更可怕。
灰原哀：时间过得越久，人心的距离就越远。
贝尔摩德：A Secret Makes A Woman Woman
柯南中还有哪些经典语录，小伙伴们可以在下方评论区留言一起分享~
欢迎点上方蓝色字“关注”，如果喜欢本文，请点赞并转发，你的支持是我们前进的动力。